Tropisme et signature transcriptomique d'une souche virulente versus non-pathogène d'un alphavirus de salmonidé chez la truite arc-en-ciel.

par Raphaël Jami

Projet de thèse en Immunologie

Sous la direction de Stéphane Biacchesi.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (Paris ; 2015-....) , en partenariat avec VIM - Virologie et Immunologie moléculaire - UR 892 INRA Jouy (laboratoire) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2018 .


  • Résumé

    Ce projet a pour objectif de comprendre comment des variations dans le génome viral peuvent agir sur la réponse de l'hôte, notamment en modifiant le tropisme du virus, et aboutir à des phénotypes de virulence ou d'atténuation chez l'hôte. Nous proposons d'étudier ces mécanismes pour un pathogène viral majeur des salmonidés : un Alphavirus (virus de la maladie du sommeil ; VMS) chez la truite arc-en-ciel. Un système de génétique inverse est disponible pour ce virus et a déjà permis de générer un virus atténué présentant des propriétés intéressantes pour la vaccination : pas de mortalité et induction - - 3 d'une immunité protectrice chez les poissons immunisés par bain. Ce phénotype remarquable est lié au changement d'un seul acide aminé dans la glycoprotéine de surface E2. Cette mutation rend un virus pathogène totalement apathogène chez la truite malgré un niveau de réplication du virus mutant identique à celui du virus sauvage. L'étude du changement de tropisme du virus atténué versus virulent chez la truite permettra d'identifier les organes et/ou les cellules cibles. Par une analyse comparative, les modifications induites dans les interactions virus-hôte au niveau du transcriptome seront étudiées. Cette analyse permettra de fournir une liste de cascades de régulation impliquées dans la mise en place des défenses de l'hôte et potentiellement ciblées par ce virus. L'ensemble de ces données fournira des informations clés pour expliquer comment des variations dans le génome viral peuvent fortement altérer la pathogénicité de ce virus et induire chez l'hôte une réponse immunitaire protectrice.

  • Titre traduit

    Tropism and transcriptomic signature of virulent versus non-pathogenic salmonid alphavirus strains in rainbow trout.


  • Résumé

    This project aims to understand how variations in the viral genome can act on the host responses to infection, including by modifying the virus tropism, and result in phenotypes of virulence or attenuation in the host. We propose studying these mechanisms for a major viral pathogen of salmonids: an Alphavirus (sleeping disease virus; SDV) of rainbow trout. A reverse genetics system is available for this virus and has already allowed generating an attenuated virus which presents interesting properties for the vaccination: no mortality and induction of a protective immunity in fish immunized by bath. This remarkable phenotype is linked to the change of a single amino acid in the surface glycoprotein E2. This mutation makes a pathogenic virus totally non-pathogenic in trout in spite of a level of replication of the mutant virus identical to that of the wild-type virus. The study of the tropism change of attenuated versus virulent virus in trout will allow to identify organs and/or target cells. By a comparative analysis, the modifications induced in the virus-host interactions at the transcriptome level will be studied. This analysis will allow identifying various regulation pathways involved in the host defense and potentially targeted by this virus. All these data will provide key information to explain how variations in the viral genome can strongly alter the virus pathogenicity and contribute to induce in the host a protective immune response.