Approche intégrée, expérimentale et computationnelle de l'hétérogénéité du microenvironnement dans les métastases hépatiques du cancer colorectal, en relation avec la réponse au traitements

par Ambre Giguelay

Projet de thèse en Biologie Santé

Sous la direction de Jacques Colinge et de Andrei Turtoi.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....) , en partenariat avec IRCM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (laboratoire) et de Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer. (equipe de recherche) depuis le 01-10-2018 .


  • Résumé

    Nous nous proposons d'étudier l'hétérogénéité tumorale et sa relation avec la résistance aux traitements selon l'angle nouveau du couplage métabolique entre les cellules cancéreuses et les CAF (Cancer Associated Fibroblast). Nous considérons le microenvironnement tumoral comme un écosystème et les interactions cellules cancéreuses-CAF comme fondamentales. Les CAF sont en effet les cellules stromales les plus abondantes au sein des tumeurs, et sont connus comme source de facteurs proangionéniques et de polarisation des macrophages. L'hétérogénéité sera considérée sous cet angle, en comparant différents individus et différentes parties d'une même tumeur. Nous appliquerons une nouvelle approche d'échantillonnage de tissue déjà mise en place dans le Laboratoire du Dr Turtoi : les lésions métastatiques sont divisées en voxels qui sont analysés séparément. La caractérisation moléculaire des voxels des tumeurs résistantes et répondant bien au traitement sera obtenue par transriptomique, protéomique et métabolomique. L'étude transcriptomique incluera des analyses en cellule unique de certaines métastases. Les tumeurs fraîches issues des patients sont fournies par une collaboration avec les Prof Dr. Pierre-Emmanuel Colombo et le Prof. Dr. François Quenet du département de chirurgie de l'ICM.

  • Titre traduit

    An integrated, experimental-computational investigation of the microenvironment heterogeneity in colorectal cancer liver metastasis and its relationship with treatment response


  • Résumé

    We propose to apprehend tumor heterogeneity and its relationship with drug resistance from the new angle of metabolic coupling in the cancer cell-CAF interaction . In this regard, we consider the tumor microenvironment as an ecosystem and cancer cell-CAF interactions as fundamental, elementary units within this complex organ that is the tumor as a whole. CAF are indeed the most numerous stromal cells in the tumor and well-described sources of pro-angiogenic and macrophage polarizing factors. Heterogeneity will be considered from this angle comparing different individuals and different locations of a same tumor. We will apply a novel tissue sampling approach that is in place in the Turtoi's Lab, where metastatic lesions are divided in tissue voxels that are analyzed separately. In depth molecular characterization of the individual voxels of resistant versus responsive tumors will be obtained by transcriptomics, proteomics, and metabolomics. Transcriptomics will include single cell analyses for chosen metastases. Fresh patient material is accessed through a running collaboration with ICM surgery department, Prof. Dr. Pierre-Emmanuel Colombo and Prof. Dr François Quenet.