Identification et caractérisation de nouveaux gènes induits par l'interféron inhibant le virus influenza A

par Joe Mckellar

Projet de thèse en Biologie Santé

Sous la direction de Caroline Goujon et de Olivier Moncorge.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....) , en partenariat avec IRIM - Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (laboratoire) et de Interféron et restriction antivirale (equipe de recherche) depuis le 01-09-2018 .


  • Résumé

    L'interféron, première ligne de défense contre les virus, est produit par les cellules infectées après détection de pathogènes intracellulaires. L'interféron régule des centaines de gènes, lesquels permettent l'établissement d'un état antiviral puissant, prévenant la réplication virale. Notre équipe s'intéresse à l'identification des effecteurs cellulaires de l'état antiviral, ainsi qu'à la compréhension des mécanismes moléculaires mis en jeu. Le virus influenza A est fortement sensible à l'état antiviral induit par l'interféron en cellules humaines. C'est dû en partie à l'activité antiviral de deux effecteurs antiviraux (MX1 et IFITM3) ainsi qu'à un nouvel inhibiteur que nous avons récemment identifié. Le mécanisme d'action de ces inhibiteurs n'est pas compris à ce jour. De plus, nos données préliminaires montrent que l'invalidation de ces 3 gènes ne prévient pas complètement l'activité antuviral de l'interféron. Cela montre l'existence d'inhibiteurs additionnels. Dans ce contexte, le projet de thèse visera à identifier de nouveaux acteurs de l'état antiviral contre le virus influenza A à l'aide de techniques puissantes telles que des cribles CRISPR-Cas9 à l'échelle du génome humain. Le projet visera à caractériser l'activité antivirale des inhibiteurs ainsi identifiés. Le projet impliquera l'utilisation de techniques courante dans un laboratoire de virologie moléculaire (clonage moléculaire, culture cellulaire, transfection, production de virus influenza A et de vecteurs lentiviraux, infection, western blot, immunofluorescence, …) ainsi que des techniques de point (RNA seq, microscopie super-résolution et electronique, …).

  • Titre traduit

    Identification and characterization of new interferon-stimulated, anti-influenza A virus genes


  • Résumé

    Interferon is produced by infected cells following the detection of intracellular pathogens and is the first line of defence against viral infection. Interferon regulates several hundred genes, which in turn induce a potent antiviral state, preventing viral replication. Our team is interested in identifying the cellular effectors of this antiviral state, as well as understanding the molecular mechanisms involved. Influenza A virus is highly sensitive to the interferon-induced antiviral state in human cells. This is partly due to the antiviral activity of a couple of known, antiviral effectors (MX1 and IFITM3), as well as a new inhibitor, which we have recently identified. The mechanism of actions of these inhibitors remain to be unravelled. Moreover, our preliminary work shows that in cells knocked-out for all 3 genes, interferon treatment still inhibits influenza virus replication. This shows that additional cellular inhibitors remain to be identified. In this context, the thesis project will aim at identifying new actors of the antiviral state against influenza A virus. We currently use a combination of independent and promising approaches for the identification of new antiviral genes, including powerful whole-genome scale CRISPR/Cas9 genetic screens. The student will participate in such screens and characterize the antiviral activity of newly identified effectors. The thesis project will involve the use of classic techniques in a molecular virology lab (molecular cloning, cell culture, transfection, influenza A virus and lentiviral vector production, cell infection, western blot, immunofluorescence, …) as well as state-of-the-art techniques (RNA seq, super-resolution and electron microscopy, …).