Industrialisation des procédures d'analyses de données de séquençage pan-génomique constitutionnelle

par Quentin Testard

Projet de thèse en Biologie du développement - Oncogenèse

Sous la direction de Julien Thevenon.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de Chimie et Sciences du Vivant , en partenariat avec CRI IAB - Centre de Recherche Oncologie/Développement - Institute for Advanced Biosciences (laboratoire) et de Equipe 6 - Kochbin (equipe de recherche) depuis le 01-05-2018 .


  • Résumé

    La génétique médicale est une spécialité en plein essor. A l'échelle nationale, sa structuration se concrétise à travers le plan France Médecine Génomique 2025. Les thématiques choisies pour les premières phases du plan comprennent les applications du séquençage de génomes entiers au diagnostic de maladies rares et de cancer. Forte de l'expérience des acteurs régionaux, la région Auvergne Rhône-Alpes a remporté l'appel d'offre pour être l'une des deux premières plateformes industrielle de séquençage et d'analyse de génomes à visée diagnostique. Avant le transfert au diagnostic de cette technologie innovante en santé, de nombreux verrous restent à lever et requièrent le travail synergique d'acteurs académiques et industriels. Conscients de cette convergence d'intérêts, une collaboration a été établie depuis plusieurs mois entre le CHU de Grenoble-Alpes et le laboratoire Biomnis/Eurofins pour mettre en place un circuit de séquençage d'exome à visée diagnostique de patients porteurs de maladies rares. Le Dr Julien Thevenon a rejoint le CHU de Grenoble-Alpes en fin d'année 2016 et a pu acquérir une forte expérience dans la génomique des maladies rares avec anomalies du développement, la recherche dans cette thématique et, depuis 2013, les applications du séquençage d'exome en diagnostique. Les Drs Laure Raymond et Jean-François Taly ont mis en place la technique de séquençage d'exome au sein du laboratoire Biomnis/Eurofins de Lyon. Ce laboratoire propose depuis la fin d'année 2016 un service d'exome diagnostique et est un laboratoire reconnu pour la qualité de ses procédures industrielles appliquées à la biologie médicale et en particulier à la génétique. Cette collaboration valorise les savoirs faire de chaque équipe en s'appuyant sur les procédures industrielles et l'accompagnement qualité de l'entreprise pour achever le transfert du séquençage pan-génomique au diagnostic. Toutefois, des efforts de développement de procédures, d'algorithmes de traitements des données complexes de génomique sont requis. L'enjeu de cette thèse CIFRE est de participer à la création des outils qui permettront de rendre le séquençage pan-génomique accessible aux prescripteurs qui ne peuvent accéder à la demande diagnostique des familles. Ce travail s'inclue dans une réflexion nationale sur la pratique de la génétique médicale dans la thématique des maladies rares.

  • Titre traduit

    Industrialization of constitutional pan-genomic sequencing data analysis procedures


  • Résumé

    Medical genetics is a currently booming specialty. At the national level, its structure is concretized through the « France Médecine Génomique 2025 » plan. The themes selected for the first phases of the plan include the whole genomes sequencing applications to the diagnosis of rare diseases and cancer. With the experience of regional players, the Auvergne Rhône-Alpes region won the tender to be one of the first two industrial platforms for sequencing and analyzing genomes for diagnostic purposes. Before the transfer to the diagnosis of this innovative technology in health, many obstacles remain to overcome and require the synergistic work of academic and industrial actors. Conscious of this convergence of interests, a collaboration has been established for several months between the Grenoble-Alpes University Hospital and the laboratory Biomnis / Eurofins to set up an exome sequencing circuit for diagnostic purposes of patients with rare diseases. The Dr. Julien Thevenon joined the CHU Grenoble-Alpes at the end of 2016 and has acquired a strong experience in genomics of rare diseases with developmental anomalies, and, since 2013, applications of sequencing exome in diagnosis. The Dr. Laure Raymond and the Dr. Jean-François Taly have implemented the exome sequencing technique at Biomnis / Eurofins in Lyon. Since the end of 2016, this laboratory has been offering a diagnostic exome service and is a recognized laboratory for the quality of its industrial procedures applied to medical biology and in particular to genetics. This collaboration values each team's skills by relying on the company's industrial procedures and quality support to complete the transfer of pan-genomic sequencing to diagnosis. However, procedural development efforts, complex genomic data processing algorithms are required. The challenge of this « CIFRE » PHD is to participate in the creation of tools that will make pan-genomic sequencing accessible to prescribers who can not access the diagnostic request of families. This work is included in a national reflection on the practice of medical genetics in the theme of rare diseases