Ecologie des chauves-souris dans le contexte de l'émergence du virus Ebola en Afrique

par Elodie Schloesing

Projet de thèse en Ecologie de la santé

Sous la direction de Alexandre Caron, Mathieu Bourgarel et de Hélène De nys.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec ASTRE - Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (laboratoire) depuis le 30-09-2018 .


  • Résumé

    Les chauves-souris appartiennent au groupe de mammifères le plus diversifié après les rongeurs et sont connus pour héberger une grande diversité d'agents infectieux dont certains responsables de maladies infectieuses émergentes (MIE) menaçant potentiellement la santé animale et humaine [1]. Certaines espèces africaines sont notamment fortement suspectées de jouer un rôle dans l'écologie et l'émergence des virus Ebola (EBV) [2]. Pour comprendre, surveiller et prévenir la transmission inter-espèce (spillover) des EBV et d'autres MIE à des animaux d'intérêt et aux humains, il est donc de prime importance de caractériser l'écologie des chauves-souris, notamment leurs mouvements quotidiens et migratoires, les dynamiques de communauté dans les habitats d'alimentation et de repos et les interfaces qu'elles partagent avec d'autres espèces de mammifères dont les humains. Cependant, l'état de l'art sur l'écologie des chauves-souris en Afrique est très maigre. La phylogénie des chauves-souris en Afrique n'est complètement résolue [3]. Les connaissances sur leurs comportements migratoires sont extrapolées à partir de quelques études génétiques (ex. [4]) ou de télémétrie à petite échelle (ex. [5]), limitées à quelques espèces. Leur implication dans l'épidémiologie des MIE est parfois connue, mais leur rôle précis, qu'il soit pour la maintenance ou la transmission n'est pas clair (ex. Ebola et d'autres filovirus, MERS-COV et d'autres coronavirus). Récemment, un certain nombre d'études ont échantillonné des populations de chauves-souris pour explorer l'écologie de certain virus et l'épidémiologie de certaines MIE. Cependant l'utilisation de l'écologie des chauves-souris pour orienter les protocoles épidémiologiques et pour expliquer le rôle des chauves-souris dans la maintenance ou la transmission vers d'autres espèces de mammifères n'est que rarement pris en compte. L'objectif de ce projet sera d'explorer l'écologie des chauves-souris africaines dans des sites clés d'émergence des EBV au Gabon et en République du Congo pour mieux comprendre l'écologie des EBV et leurs dynamiques de transmission entre espèces. Plus spécifiquement, ce doctorat se concentrera sur les problématiques suivantes : 1. Les dynamiques de population d'espèces de chauves-souris potentiellement impliquées dans l'écologie des EBV dans les sites clés de leur émergence. 2. La connectivité entre différentes populations de chauves-souris qui sont potentiellement impliquées dans l'écologie des EBV (migrations, flux de gènes) 3. La disponibilité spatio-temporelle des ressources utilisées par les chauves-souris dans les sites clés d'émergence des EBV et leur influence sur distribution des chauves-souris. 4. Interfaces et contacts entre chauves-souris et autres mammifères, y compris les humains. Des suivis longitudinaux seront en mis en place par le doctorant dans des sites clés, avec des captures de chauves-souris, la récolte et e prélèvement d'échantillons biologiques ; des observations directes ; de la télémétrie par satellite et GPS ; des captures d'image ; de l'échantillonnage non-invasif ; de l'analyse de diète. En parallèle, des analyses génétiques sur les chauves-souris seront réalisées par un autre doctorant, et la sérologie et détection moléculaire des EBV et autres MIE seront réalisées par des institutions partenaires.

  • Titre traduit

    The ecology of bats in the context of Ebola virus emergence in Africa


  • Résumé

    Bats belong to the most diverse mammal order after rodents and are known to harbour a high diversity of infectious pathogens, including emerging infectious diseases (EID) potentially threatening animal and public health [1]. They are, inter alia, strongly suspected to play a role in the ecology and emergence of Ebola virus (EBV) [2]. Understanding bat ecology, including migratory and daily movements, bat community dynamics in roosting and feeding habitat and interface with other mammal species including humans is therefore of paramount importance to understand, survey and if possible prevent potential spillover of EBV and other EID to animals of interest and humans. However, despite these needs, the state of the art on bat ecology in Africa is extremely weak. The phylogeny of bats in Africa is not completely resolved [3]. Knowledge on their migratory behaviour is inferred from a few genetic studies (e.g. [4]) or small-scale telemetry studies (e.g. [5]) but is still limited to a few species. Their involvement in EID epidemiology is sometimes acted, but their exact role, including maintenance, bridge or dead-end is still fuzzy (e.g. Ebola and other filoviruses, MERS-COV and other coronaviruses). Recently, a decent amount of field studies have sampled bats for specific viruses providing vital information to explore some EID epidemiology. But the use of bat ecology as a driver to explain pathogen maintenance and transmission within and between species (bats, other wildlife, livestock and humans) is often not taken enough into consideration. The objective of this study will be to explore bat ecology in EBV emergence key sites in Gabon and the Republic of Congo in order to help understand EBV ecology and transmission dynamics. More specifically, this PhD project will focus on the following topics: 1. Population dynamics of bat species potentially involved in EBV ecology in emergence key sites 2. Connectivity between different populations of bat species that are potentially involved in EBV ecology (migrations, gene flow) 3. Spatio-temporal availability of resources used by bats in EBV emergence key sites and influence on bat distribution 4. Interface and contacts between bats and other mammals including humans Methods will involve longitudinal data collection in key sites, including bat capture, sampling and biological data collection; direct observations; satellite and GPS telemetry; camera trapping; non-invasive sampling; diet analysis. In parallel, bat genetic analysis will be performed as part of another PhD study, and EBV serology/molecular detection will be performed by partner institutions. This study will be instigated in the context of the EBO-SURSY project (“Reinforcing capacity and surveillance on Ebola disease in West and Central Africa”, 2018-2020), an EU funded project coordinated by the OIE and implemented by CIRAD, IRD and Institut Pasteur and its International Network (IPIN).