Analysis frameork for Spatially-resolved omics

par Emmanuel Bouilhol

Projet de thèse en Informatique

Sous la direction de Macha Nikolski.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale de mathématiques et informatique (Talence, Gironde) , en partenariat avec Laboratoire bordelais de recherche en informatique (laboratoire) et de Modèles et Algorithmes pour la Bioformatique et la Visualisation d'Informations (equipe de recherche) depuis le 19-07-2018 .


  • Résumé

    Les approches basées sur la localisation de molécules individuelles offrent la possibilité d'étudier l'organisation et la dynamique de protéines fluorescentes avec des résolutions pouvant atteindre quelques nanomètres. Dans le cadre de cette thèse nous proposons de développer de nouvelles méthodes d'analyse des données d'imagerie à très haute résolution.

  • Titre traduit

    Analysis frameork for Spatially-resolved omics


  • Résumé

    While studies on gene expression have traditionally focused on mRNA and protein expression levels, the interest in sub-cellular molecule localization has greatly increased over the last years. New imaging technologies allow to observe single molecules in their native cellular environment and provide unique quantitative spatial and temporal information. Moreover, new FISH and IF techniques now permit performing image acquisition on a large scale. However, as of today, there is no rigorously validated method to analyse the spatial aspects of gene expression from large-scale cellular image data. The main goal of this PhD is to develop the an efficient and robust image analysis and statistical framework to automatically analyze the subcellular localization of mRNA and proteins in what can be calles a spacially-resolved 'omics' approach.