Service de gestion efficiente de métadonnées sémantiques pour la découverte et la réutilisation de données liées aux médicaments

par Bruno Thiao Layel

Projet de thèse en Santé publique Informatique et Santé

Sous la direction de Gayo Diallo et de Guillaume Blin.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de Sociétés, Politique, Santé Publique , en partenariat avec Bordeaux Research Center for Population Health (laboratoire) et de ERIAS - Equipe de Recherche en Informatique Appliquée à la Santé (equipe de recherche) depuis le 12-04-2018 .


  • Résumé

    Cette thèse se situe dans le domaine de la gestion des référentiels sémantiques dans le contexte de la découverte et de la notification d'interactions médicamenteuses utilisées dans la description des connaissances pharmacologiques. Le travail vise à apporter des solutions scientifiques aux problématiques de la gestion de métadonnées sémantiques (Ontologies, Terminologies) décrites dans des formalismes hétérogènes et qui sont utilisées pour caractériser les données liées aux médicaments à gérer. Trois principales contributions sont visées. Il s'agit tout d'abord d'élaborer un méta-modèle générique capable d'abstraire l'hétérogénéité inhérente à la variété de formalisme de description de ces métadonnées. L'objectif est de pouvoir intégrer tout type de modèle de connaissances annotant des données réelles que le méta-modèle permet d'exprimer. Il s'agit ensuite de proposer et mettre en œuvre un ensemble de services pour : i) faire persister les référentiels et suivre leurs évolutions tout en offrant la possibilité de les explorer, ii) gérer les alignements entre eux, iii) pouvoir composer ces référentiels à la demande et les exporter. Enfin, il s'agit de fournir un mécanisme qui repose sur le méta-modèle conçu, et qui permet de gérer le lien avec les données réelles. Ces trois contributions permettront de disposer d'un service efficient pour gérer correctement, et de manière transparente, différentes métadonnées sémantiques.

  • Titre traduit

    Efficient semantic metadata management service for discovery and reuse of drug-related data


  • Résumé

    This thesis is in the field of the management of semantic repositories in the context of the discovery and notification of drug interactions used in the description of pharmacological knowledge. The work aims to provide scientific solutions to the problems of the management of semantic metadata (Ontologies, Terminologies) described in heterogeneous formalisms and which are used to characterize the data related to the drugs to be managed. Three main contributions are targeted. First of all, it is necessary to elaborate a generic meta-model capable of abstracting the heterogeneity inherent to the variety of descriptive formalism of this metadata. The goal is to be able to integrate any type of knowledge model annotating real data that the metamodel can express. It is then a question of proposing and implementing a set of services in order to: i) persist the repositories and follow their evolutions while offering the possibility to explore them, ii) manage the alignments between them, iii) be able to compose these repositories on demand and export them. Finally, it is to provide a mechanism that is based on the meta-model designed, and that manages the link with the actual data.