TECHNIQUES D'EXPLORATION CHROMOSOMIQUE EN PRÉNATAL : MISES AU POINT ET APPLICATIONS

par Stéphanie Brun (Stöckle)

Projet de thèse en Génétique

Sous la direction de Didier Lacombe et de Caroline Rooryck-thambo.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux) , en partenariat avec Lacombe (laboratoire) depuis le 01-11-2014 .


  • Résumé

    Le diagnostic prénatal est de nos jours guidé par un éventail de techniques d'imagerie, de dosages biologiques, mais aussi d'examens génétiques : cytogénétique conventionnelle (caryotype), cytogénétique moléculaire (hybridation in situ : FISH, prénatal BOBS), et techniques moléculaires (CGH-array, séquençage Sanger, Séquençage Haut Débit NGS). La technologie de la CGH-array, offre un rendement diagnostique bien supérieur à celui du caryotype, mais l'interprétation des variants du nombre de copies est parfois délicate. La technologie du NGS ou diagnostic prénatal non invasif (DPNI) pourra être utilisé d'une part pour dépister les principales aneuploïdies (trisomies 21, 13, 18), et d'autre part pour détecter les mutations dans les gènes impliqués dans des maladies rares. Le DPNI représente cependant un vrai défi de part sa mise au point technique et de part le traitement bioinformatique et l'interprétation statistique des données de séquençage. Nous avons mis au point la technique en analysant de manière rétrospective l'ADN plasmatique non cellulaire issu de grossesses à risque élevé d'aneuploïdie fœtale avec donc un risque combiné supérieur ou égal à 1/250. Ces patientes bénéficient donc en routine, d'un caryotype fœtal permettant de définir la ploïdie de leur fœtus. Le séquençage haut débit ciblé des régions d'intérêt sera effectué après amplification ciblée (Ampliseq custom, Life Technologies) de l'ADN plasmatique non cellulaire par la technologie des semi-conducteurs (Ion Torrent, Life Technologies). Il convient d‘évaluer ces nouvelles techniques et de les comparer les unes aux autres, notamment avec des critères objectifs de sensibilité et spécificité.

  • Titre traduit

    TECHNICAL DEVELOPMENT AND APPLICATIONS OF THE CHROMOSOMAL EXPLORATION TECHNICS IN PRENATAL DIAGNOSIS


  • Résumé

    Prenatal diagnosis is nowadays composed by different techniques : imaging, biology and genetic techniques. Array CGH is more performant than conventional caryotyping, however the interpretation fo the copy number variants can be tricky. Non Invasive Prental Testing could be used to detect aneuploidies and why not genetic mutations. These different techniques must be evaluated.