Développement d'outils innovants pour réduire le risque d'infection chronique

par Kévin Berrou

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la sante


Sous la direction de Axelle Cadiere, Jean-Philippe Lavigne et de Benoît Roig.

Thèses en préparation à Nîmes , dans le cadre de Risques et Société , en partenariat avec CHROME - Détection, Evaluation, Gestion des Risques CHROniques et éMErgents (laboratoire) depuis le 01-12-2015 .


  • Résumé

    L'évolution des risques sanitaires liés à des contaminations biologiques chroniques, est difficilement prévisible et peut conduire à de graves complications pour les populations. Un des enjeux majeur dans la gestion de ce risque est l'obtention d'informations permettant d'anticiper, et réduire l'évolution de ces infections. Actuellement, il n'existe pas d'outils/systèmes suffisamment efficaces pour permettre une telle démarche et il semble nécessaire de développer de nouvelles approches permettant l'obtention de données précoces indicatrices de ces évolutions. C'est l'un des projets de l'Equipe CHROME dans son axe « changement environnementaux ». Dans ce contexte, cette thèse de doctorat s'intéressera plus particulièrement à un risque chronique clinique particulier : l'évolution de l'infection de la plaie du pied diabétique. Ce cas concret est caractéristique de la difficulté de gestion des risques chroniques puisqu'il est établi que plus de 40 à 60% des patients présentant une plaie infectée subissent une antibiothérapie (avec toutes les conséquences environnementales et cliniques que cela génère) qui pourrait être évitée avec une meilleure connaissance de l'écologie microbienne. Dans ce travail, nous proposons le développement d'une approche innovante de biologie intégrative appliquée. Il s'agira notamment de suivre chez les cibles étudiées l'évolution temporelle du microbiote (composition microbienne) et corréler cette évolution à l'analyse de métabolites intra et extracellulaires, préalablement identifiés. Cette approche permettra ainsi de mettre en évidence les biomarqueurs les plus pertinents pour mettre en place une gestion simplifiée, précoce et mieux adaptée.

  • Titre traduit

    Innovative systems for the reduction of chronic infection risk


  • Résumé

    The evolution of the health risks of chronic biological contamination is unpredictable and can lead to serious problems for people. One of the major issues in the management of this risk is to obtain information to anticipate and reduce the evolution of these infections. Currently, there are no available tools or systems able to give an efficient supervision of these risks; so it is necessary to develop new approaches allowing the determination of early data indicator of these evolutions. This topic is studied in the Team CHROME in its axis 'environmental changes'. In this context, the thesis will focus on a chronic clinical risk: the evolution of wound infection in diabetic foot. This specific case is characteristic of the difficulties in the management of chronic risks. Indeed, it is established that more than 40-60% of patients with an infected wound undergo antibiotic therapy (with all associated environmental and clinical consequences) that could be avoided with a better understanding of microbial ecology. In this work, we propose the development of an innovative approach based on Integrative Biology. This will include the long term follow up of the microbiota (microbial composition) and the correlation of these changes to the analysis of intracellular and extracellular metabolites, previously identified. This approach will highlight the most relevant biomarkers to implement simple, more adapted and early management.