La diversité génétique à l'ère de la génomique : évolution de la consanguinité et ses conséquences dans trois races bovines laitières françaises

par Anna-charlotte Doublet

Projet de thèse en Génétique animale


Sous la direction de Denis Laloe, Gwendal Restoux et de Pascal Croiseau.

Thèses en préparation à université Paris-Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé , en partenariat avec Génétique animale et Biologie intégrative (laboratoire) , Génétique et Génomique Bovine (G2B) (equipe de recherche) , AgroParisTech (référent) et de Université Paris-Saclay. Graduate School Biosphera (2020-....) (graduate school) depuis le 08-01-2018 .


  • Résumé

    La sélection génomique, mise en place depuis 2009 en France, a drastiquement modifié les schémas de sélection dans les races bovines laitières françaises de grand effectif en augmentant le nombre de candidats à la sélection et en réduisant les intervalles de génération. L'essor de l'utilisation du transfert embryonnaire a également remanié les schémas de sélection, intensifiant la sélection des mères à taureaux et réduisant encore les intervalles de génération. Ces technologies permettent une augmentation du progrès génétique. Cependant, si leur utilisation n'est pas maîtrisée, elles mettent en danger la diversité génétique de ces races. Cette perte de diversité, caractérisée par une augmentation de la consanguinité, peut s'accompagner de dépression de consanguinité, d'une baisse de l'efficacité de la sélection et une perte de potentiel adaptatif. Il est donc primordial de comprendre et de prédire l'impact de ces changements sur la diversité génétique à l'ère de la génomique, afin de mieux la maintenir. Un bilan de la mise en place de la sélection génomique a montré que cette technologie a permis une augmentation du progrès génétique annuel chez la Montbéliarde, la Normande et la Prim'Holstein mais que la perte de diversité génétique s'est accélérée seulement chez la Prim'Holstein. Une étude prospective a montré que, dans le cadre de la sélection génomique, l'utilisation intensive du transfert embryonnaire dans un schéma de sélection de type Montbéliarde présentait un risque pour la diversité génétique, et que la réduction du nombre de taureaux dans ces schémas causait à la fois une baisse du progrès génétique et une accélération de la perte de diversité génétique. Dans la race Montbéliarde, la dépression de consanguinité a fait baisser les performances pour cinq caractères de production et de santé sur six caractères étudiés. Les effets de la consanguinité sur ces performances sont très hétérogènes le long du génome. Gérer la consanguinité et ses conséquences dans les races bovines laitières françaises nécessite la mise en œuvre de mesures efficaces, éthiques et envisageables sur le terrain.

  • Titre traduit

    Genetic diversity in the genomic era: evolution of inbreeding and its consequences in three French dairy cattle breeds


  • Résumé

    Genomic selection, implemented in France since 2009, has drastically modified breeding schemes in large French dairy cattle breeds by increasing the number of candidates for selection and reducing generation intervals. The growing use of embryo transfer has also reshaped breeding schemes, intensifying the selection of dams of bulls and further reducing generation intervals. These technologies allow for an increase in genetic gain. However, if their use is not controlled, they endanger the genetic diversity of these breeds. This loss of diversity, characterized by an increase in inbreeding, can be accompanied by inbreeding depression, a decrease in selection efficiency and a loss of adaptive potential. It is therefore essential to understand and predict the impact of these changes on genetic diversity in the genomic era to better maintain it. A study of the implementation of genomic selection has shown that this technology has led to an increase in annual genetic gain in Montbéliarde, Normande and Prim'Holstein but that the loss of genetic diversity has only been accelerated in Prim'Holstein. A prospective study showed that, in the context of genomic selection, the intensive use of embryo transfer in a Montbéliarde-type breeding scheme presented a risk for genetic diversity, and that the reduction in the number of bulls in these schemes caused both a decrease in genetic gain and an acceleration of the loss of genetic diversity. In the Montbéliarde breed, inbreeding depression resulted in lower performance for five production and health traits out of six traits studied. The effects of inbreeding on these performances are very heterogeneous along the genome. Managing inbreeding and its consequences in French dairy cattle breeds requires the implementation of effective, ethical and feasible actions in the field.