Contribution de la Paléoprotéomique à l'étude de la diffusion des pratiques d'élevage de caprinés en Afrique de l'Est et Australe

par Louise Le Meillour

Thèse de doctorat en Bioarchéologie


  • Résumé

    En l’absence de représentants sauvages sur le continent, les moutons (Ovis aries) et les chèvres (Capra hircus) domestiques, sous-famille Caprinae, ont été importés du Levant en Afrique vers le VIIe millénaire avant notre ère (BCE). Le corpus archéologique indique une diffusion très lente sur le continent avec une présence attestée au cours du IIIe millénaire avant notre ère en Afrique de l'Est (Djibouti, Somaliland), au Kenya et en Tanzanie alors que les plus anciens vestiges de caprinés ne sont datés que du Ier siècle de notre ère en Afrique australe. L’introduction d’animaux domestiques dans les économies de subsistance apparait progressivement et, après plusieurs siècles, devient majoritaire. En contexte archéologique, les similitudes morphologiques existant entre les deux espèces de caprinés entre elles et avec d'autres petits bovidés sauvages africains brouillent les identifications et l’état très souvent fragmentaire des restes ne permettent souvent pas de proposer une identification en dessous de la sous-famille. L'histoire de la diffusion des ovins et des caprins à travers l'Afrique nécessite une analyse fine des vestiges afin de fournir une interprétation archéologique précise. Cette thèse de doctorat présente l'application de la paléoprotéomique, l'étude des protéines anciennes conservées dans les vestiges archéologiques, à divers sites archéologiques répartis entre l'Afrique de l’Est et l'Afrique australe. Les séquences de collagène de type I de dix-neuf espèces d'antilopes et assimilées sont proposées et l'analyse phylogénétique qui en résulte est discutée. Un protocole d'extraction adapté aux vestiges des milieux arides et semi-arides, ainsi que les analyses paléoprotéomiques de 117 restes provenant de 19 sites archéologiques sont présentés. Ces recherches ont permis d'adapter les études paléoprotéomiques aux vestiges provenant de contextes archéologiques africains, d'établir un large référentiel d'espèces pouvant potentiellement être interprétées comme des caprinés domestiques et de constater l'association quasi- systématique des espèces sauvages et domestiques au sein des sites archéologiques au cours de l'Holocène. Les résultats obtenus dans cette étude ont mis en évidence l'importance de la multiplication de différents niveaux d’information et le rôle central de la paléoprotéomique dans l’étude de la diffusion des pratiques d’élevage de caprinés domestiques à travers l'Afrique.

  • Titre traduit

    Contribution of Palaeoproteomics to the documentation of caprines herding diffusion between Eastern and Southern Africa


  • Résumé

    In the absence of wild representatives on the continent, domestic sheep (Ovis aries) and goats (Capra hircus), subfamily Caprinae, were imported from the Levant into Africa around the VIIth millennium before common era (BCE). The archaeological record indicates a very slow diffusion on the continent with an attested presence during the IIIrd millennium BCE in Eastern Africa (Djibouti, Somaliland), Kenya and Tanzania, while the oldest caprines remains are dated only from the Ist century CE in Southern Africa. The introduction of domestic animals into populations subsistence economies is gradually emerging and, after several centuries, become the primary food supply. In archaeological context, the morphological similarities between the two species of caprines and with other small African wild bovids blur zooarchaeological identifications and the fragmentary state of the remains often makes it impossible to propose an identification below the sub-family. The history of the spread of sheep and goats across Africa requires a fine-scale analysis of the remains in order to provide an accurate archaeological interpretation. This doctoral thesis presents the application of palaeoproteomics, the study of ancient proteins preserved in archaeological remains, to various archaeological sites across Eastern and Southern Africa. The type I collagen sequences of nineteen antelope and antelope-like species are proposed, and the resulting phylogenetic analyses discussed. An extraction protocol adapted to remains of arid and semi-arid environments, as well as the palaeoproteomics analyses of 117 remains from 19 archaeological sites are presented. This research has allowed to adapt palaeoproteomics studies to remains from African archaeological contexts, to establish a broad collagen referential of species that can potentially be interpreted as domestic caprines and to note the quasi-systematic association of wild and domestic species within archaeological sites during the Holocene. The results obtained in this study highlighted the importance of multiplying different levels of information and the crucial part that palaeoproteomics has to play concerning the study of caprines herding practices diffusion across Africa.