Diversité des populations de maïs du Sud-Ouest de la France : étude de leur origine et adaptation par une approche genome wide dans un contexte d'enquêtes ethnobotaniques

par Yacine Diaw (Diatta)

Projet de thèse en Génétique et génomique

Sous la direction de Jacques David et de Joëlle Ronfort.

Thèses en préparation à Montpellier, SupAgro , dans le cadre de GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec AGAP - Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (laboratoire) et de Génomique évolutive et gestion des populations (GE2pop) (equipe de recherche) depuis le 03-10-2016 .


  • Résumé

    Entamée en 2015 à la suite d'un mémoire de Master soutenu à la même année, ma recherche doctorale vise particulièrement à analyser la diversité des populations de maïs du Sud-Ouest de la France pour identifier les principaux facteurs qui ont façonné cette diversité, de rechercher les gènes impliqués dans la différenciation observée, afin de mieux gérer et valoriser cette diversité. Depuis sa domestication il y a 9000 ans au Mexique, la culture du maïs s'est diffusée à travers le monde et s'est adaptée aux différentes conditions pédoclimatiques. Grâce à cette capacité d'adaptation, les populations de la culture du maïs issues de la gestion par les paysans dans leur terroir présentent eux aussi des sources d'adaptation locale qui sont recherchées pour faire face aux nouvelles conditions pédoclimatiques. Dans ce projet, nous proposons d'étudier la diversité des populations, la structuration de la variabilité génétique et les origines génétiques des populations anciennes du Sud-Ouest de la France grâce à des marqueurs SNP nucléaires et cytoplasmiques. Nous rechercherons les facteurs qui ont façonné cette variabilité et notamment le cline longitudinal mis en évidence par des études préliminaires le long des Pyrénées. Les données de la puce 50KSNP seront obtenues sur des bulk de 15 plantes afin de prendre en compte la variabilité intra population. Nous comparons l'approche bulk vs plante individuelle sur des données expérimentales, et par des simulations. En plus de l'étude portant sur les populations du Sud-Ouest de la France, la diversité génétique des populations de l'Italie sera étudiée. L'objectif étant de mettre la lumière sur l'origine génétique de ces populations et leur contribution à la diversité d'autres régions (Rebourg et al , 2001 ; Camus-Kulandaivelu et al. ,2006 ; Dubreuil et al., 2006 ; Brandolini et Brandolini , 2009). Comme perspective, nous prévoyons d'inclure une étude portant sur des populations de maïs du Sénégal. Le but pouvant être l'actualisation de données sur la diversité génétique de ces populations pour des perspectives de création et d'amélioration variétales. En concluant, nous dirons que notre étude sur la diversité des maïs du Sud-Ouest de la France est pluri disciplinaire avec des approches essentiellement de génétique (génétique des populations, analyse de la diversité, génétique quantitative), mais également des approches ethnobotaniques.  

  • Titre traduit

    Diversity of southwestern maize populations of France: study of the origin and adaptation by a genome wide approach interacting with ethnobotanical surveys


  • Résumé

    Begun in 2015 as a result of a Master's thesis supported in the same year, especially my doctoral research aims to analyze the diversity of southwestern maize's populations of France to identify the main factors that shaped this diversity, to search for genes involved in the differentiation observed in order to better manage and enhance this diversity. Since its domestication 9,000 years ago in Mexico, maize cultivation has spread worldwide and has adapted to different soil and climatic conditions. With this adaptability, populations of maize from management by farmers on their land also have them local adaptation sources are sought to deal with new soil and climatic conditions. In this project we propose to study the diversity of populations, the pattern of genetic variability and genetic origins of landraces of South-West France through nuclear and cytoplasmic SNP markers. We will look for fac<tors that shaped this variability, including the longitudinal cline highlighted by preliminary studies along the Pyrenees. Data 50KSNP the chip will be obtained on bulk of 15 plants in order to take into account the variability within population. We compare the bulk approach vs individual plant on experimental data and simulations. In addition to the study of the populations of the Southwest of France, the genetic diversity of populations of Italy will be studied. The aim is to shed light on the genetic origin of these populations and their contribution to the diversity of other regions (Rebourg et al, 2001; Kulandaivelu Camus et al., 2006; Dubreuil et al., 2006; Brandolini and Brandolini, 2009). As perspective, we plan to include a study of the Senegal maize populations. The aim can be the updating of data on the genetic diversity of these populations in the perspectives for varietal creative and varietal improvement. In conclusion, we will say that our study of the diversity of the southwest maize of France is multi-disciplinary with essentially genetic approaches (population genetics, diversity analysis, quantitative genetics), but also ethnobotanical approaches.