Adaptation locale et changement climatique: mécanismes génétiques et épigénétiques chez les petits ruminants.

par Laure Denoyelle

Projet de thèse en Biodiversité-Ecologie-Environnement

Sous la direction de François Pompanon (csv) et de Gwenola Tosser-klopp.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de Chimie et Sciences du Vivant , en partenariat avec Laboratoire d'ECologie Alpine (laboratoire) depuis le 01-12-2016 .


  • Résumé

    L'objectif de ce projet est de caractériser les mécanismes d'adaptation aux facteurs environnementaux qui varient dans le contexte des changements globaux. Le doctorant devra : - caractériser les mécanismes d'adaptation locale en identifiant les régions génomiques abritant des signatures de sélection reliées à des facteurs environnementaux (par exemple variation des conditions abiotiques et éventuellement biotiques) ; - tester la congruence des mécanismes adaptatifs entre les espèces (c'est-à-dire les comparaisons des moutons et des chèvres) et / ou à l'intérieur des espèces (c'est-à-dire les comparaisons de races) ; - évaluer la répartition spatiale de l'adaptation et son évolution prédite par rapport aux scénarios de changement climatique ; - évaluer l'impact possible des variations épigénétiques en caractérisant les régions différentiellement méthylées des génomes provenant d'environnements contrastés. Dans le cadre de projets européens (NextGen et ClimGen) et de projets français (France Génomique, AGIR), nous avons produit plusieurs centaines de données de génomes entiers dans des dizaines de races de moutons et de chèvres pour lesquelles des métadonnées sont disponibles (climat, topographie, ...). De plus, le laboratoire produit des données MeDipSeq pour caractériser les modèles de méthylation à l'échelle du génome entier. Ainsi, un ensemble de données de base est déjà disponible.

  • Titre traduit

    Local Adaptation and Climate change : genetic end epigenetic factors in small ruminants.


  • Résumé

    The objective of this project is to characterize the mechanisms of adaptation to environmental factors that vary in the context of global changes. The PhD student will have to : - characterize the mechanisms of local adaptation by identifying genomic regions harbouring signatures of selection realted to environmental factors (e.g. variation of abiotic and possibly biotic conditions); - test the congruence of adaptive mechanisms among species (ie. sheep/goat comparisons) and/or within species (i.e., breed comparisons); - evaluate the spatial distribution of adaptive and its predicted shift in relation to scenarios of climate change; - evaluate the possible impact of epigenetic variations by characterizing Differentially Methylated Regions of genomes coming from contrasted environments. In the frame of EU projects (NextGen and ClimGen) and French projects (France Génomique, AGIR), we have been producing several hundreds of whole genome data in dozens of sheep and goat breeds for which metadata are avalaible (e.g., climate, topography, …). Moreover, the laboratory is producing MeDipSeq data for characterizing methylation patterns at the whole genome scale. Thus, a core set of data is already avalaible.