Caractérisation des structures en mosaique inter(sub)spécifique des génomes de plantes cultivées

par Aurélien Cottin

Projet de thèse en Génétique et amélioration des plantes

Sous la direction de Nabila Yahiaoui.

Thèses en préparation à Montpellier, SupAgro , dans le cadre de GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec AGAP - Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (laboratoire) et de Structure et Evolution des génomes (SEG) (equipe de recherche) depuis le 02-01-2017 .


  • Résumé

    Les évènements d'hybridation inter-(sub)spécifiques sont considérés comme des évènements évolutifs majeurs contribuant à l'émergence de nouveaux phénotypes. Ces hybridations sont à l'origine de plusieurs plantes cultivées, et produisent des génomes ayant une structure dite en mosaïque de séquences d'origine ancestrale différente. L'objectif de la thèse est d'évaluer et d'appliquer des méthodologies pour élucider à une échelle fine les structures mosaïques des génomes de plantes cultivées à partir de données de reséquençage/génotypage massif. Les approches devront être adaptées à des contextes qui peuvent être en marge des notions classiques de génétique des populations comme pour les bananiers ou les agrumes cultivés. Caractériser les structures mosaïques des génomes de plantes cultivées permettra de mieux comprendre l'histoire de leur domestication, le processus de formation des hybrides cultivés et l'origine ancestrale possible de la diversité phénotypique.

  • Titre traduit

    Characterization of the inter(sub)specific mosaic structure of crop genomes


  • Résumé

    Hybridization events are recognized as major evolutionary stimuli contributing to the emergence of novel phenotypes. These hybridization events occurring between closely related species or subspecies are widespread in several crop species, leading to either mosaic genomes where different sections of the genomes have a specific ancestral origin or stabilized hybrid genomes. Characterizing these genome structures will help understanding domestication histories, identifying the origin of agricultural traits and improving breeding strategies. The rapid development of high throughput sequencing and genotyping technologies (Next Generation Sequencing, NGS) offers the opportunity to characterize hybridization events at a fine-scale via the comparison of patterns of polymorphisms at a very large number of molecular markers. The aim of this PhD project is to evaluate computational methods to characterize plant genome mosaic structures using NGS data and to apply these methodologies to datasets from selected crop plants.