Intérêt et optimisation de la sélection génomique chez la truite arc-en-ciel

par Jonathan D'Ambrosio

Projet de thèse en Génétique animale

Sous la direction de Florence Phocas et de Mathilde Dupont-nivet.

Thèses en préparation à université Paris-Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé , en partenariat avec Génétique animale et Biologie intégrative (laboratoire) , Génétique et Aquaculture (GenAqua) (equipe de recherche) , AgroParisTech (référent) et de Université Paris-Saclay. Graduate School Biosphera (2020-....) (graduate school) depuis le 01-09-2017 .


  • Résumé

    La sélection génomique (SG) permet d'estimer des valeurs reproductives des individus à partir de leurs génomes par rapport à une population de référence établie avec la performance et le génotype de milliers d'individus. La sélection génomique permet de choisir des traits impossibles ou coûteux à mesurer sur les candidats à la sélection. La sélection génomique a été mise en place avec succès sur le bétail et d'autres animaux terrestres au cours de la dernière décennie. L'accès récent à la séquence du génome, aux cartes génétiques et à une puce de génotypage à haut-débits de 57 000 SNP, peut permettre de modifier l'organisation des programmes de sélection trutticole. Pour l'implémenter SG, le projet (SG-Truite) dirigé par le Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français en collaboration avec des sélectionneurs trutticoles et l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). L'objectif de cette thèse est de proposer des outils et des méthodes SG techniquement et économiquement fiables pour les programmes français en sélection chez la truite arc-en-ciel sur tous les traits déterminants chez le poisson (taux de croissance, rendement du filet, reproduction, résistance aux maladies).

  • Titre traduit

    Interest and optimization of genomic selection for rainbow trout


  • Résumé

    Genomic selection (GS) allows the estimation of breeding values of individuals from their genotypes in comparison to a reference population that is established with performance and genotype of thousands of individuals. Genomic selection allows to select for traits that are impossible or expensive to measure on candidates for selection. Genomic selection has successfully been implemented for cattle and other terrestrial livestock animals in the last decade. The recent access to whole genome sequencing, genetic maps and high-density DNA chip with 57 000 SNP (57K) makes it possible to entirely modify the organization of trout breeding schemes. To implement GS, a project (SG-Truite) is led by the Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français in collaboration with fish breeding companies and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). The aim the phD thesis is to propose tools and methods to implement GS for French rainbow trout breeding programs in a technically and economically efficient ways for all traits determining the fish performance fish (growth rate, fillet yield, reproduction and disease resistance).