Évolution des génomes chez le bananier : variation des structures chromosomiques et impact sur les ségrégations génétiques

par Marion Dupouy

Projet de thèse en Génétique et amélioration des plantes

Sous la direction de Angélique D'hont et de Guillaume Martin.

Thèses en préparation à Montpellier, SupAgro , dans le cadre de GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec AGAP - Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (laboratoire) et de Structure et Evolution des génomes (SEG) (equipe de recherche) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    L'objectif de la thèse est d'analyser les différences de structure chromosomique au sein des M. acuminata, en particulier au sein des clones M. acuminata utilisés en sélection et de caractériser leur impact sur les ségrégations chromosomiques. Pour la production des données de séquence nous bénéficions de deux projets, un projet financé par le CGIAR Research Program (CRP) on Roots, Tubers and Bananas (RTB) et un projet France Génomique. D'autre part, ce travail sera réalisé dans le cadre d'un projet étendard financé par la Fondation Agropolis. Ce projet a pour objectif de développer des nouvelles méthodes bioinformatiques/biomathématiques pour mieux exploiter les données de reséquencage massive pour caractériser la structure de génomes d'origine interspécifique ou sub spécifique tel que le bananier mais aussi les citrus, le riz, le café, … Les questions de recherche traitées dans le cadre de ce travail de thèse sont: - quelle est la nature et l'étendue des variations de structure chromosomique au sein des M. acuminata (translocation réciproque, duplication, inversion …) ? - quel est l'impact de ces variations structurales sur les appariements chromosomiques, sur les ségrégations et sur la fertilité ? - quels sont les mécanismes à l'origine de ces variations : les éléments transposables sont ils impliqués ? Est ce que les zones dupliquées du génome sont impliquées préférentiellement dans les différences structurales ? - les mêmes zones du génome sont-elles impliquées dans les différences entre les groupes caryotypiques ? Cette meilleure connaissance de l'évolution de la diversité cultivée contribuera à mieux orienter les plans de croisements, à mieux comprendre la ségrégation des caractères d'intérêts agronomiques, à faciliter le repérage de facteurs génétiques favorables et soutenir les processus de sélection.

  • Titre traduit

    Evolution of banana genomes: chromosomal structure variations and impact on genetic segregation


  • Résumé

    The thesis's aim is to analyze M. acuminata chromosomal structure differences and to characterize their impact on chromosomal segregation (separations). The research matters addressed in this context are : - What is the nature and extent of chromosomal structure variations in M. acuminata (reciprocal translocations, duplications, inversions...) ? - What impact do these structural variations have on chromosome pairing, segregation (separations) and fertility ? - What are the mechanisms behind these variations: are tansposable elements or duplicated zones preferentially involved in structural differences? - Are the same areas of the genome involved in the differences between the karyotype groups ? The better understanding of the evolution of crop diversity will help to guide crossbreeding, to improve the understanding of segregation (separation) of characters of agronomic interest, to facilitate the identification of beneficial genetic factors and support the selection process.