Exploration et modélisation structurale des réseaux d'interactions protéiques, application à la motilité cellulaire

par Chloé Quignot

Projet de thèse en Biochimie et biologie structurale

Sous la direction de Raphaël Guerois et de Jessica Andreani.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué , en partenariat avec Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 30-09-2017 .


  • Résumé

    La migration cellulaire est au cœur de nombreuses fonctions du vivant et son dérèglement dans les processus de cancérogenèse constitue une étape clé dans la formation des métastases. La compréhension des mécanismes cellulaires qui régulent la migration revêt donc une importance fondamentale en biologie avec des implications directes pour l'industrie pharmaceutique. L'objectif de la thèse est de développer de nouvelles méthodes statistiques et bioinformatiques pour exploiter plus efficacement la richesse d'informations contenue dans les expériences protéomiques conduites à grande échelle. A partir d'un ensemble considérable de données protéomiques du laboratoire d'Alexis Gautreau, et grâce aux méthodes développées par Jessica Andreani dans l'équipe de Raphael Guerois, le projet de thèse consistera à explorer le réseau d'interactions des protéines impliquées dans la migration cellulaire, à modéliser la structure des assemblages de ce réseau, à prédire les compétitions et synergies potentielles dans leurs modes d'interaction et à établir la logique moléculaire associée au réseau. L'objectif sera d'identifier de nouveaux acteurs régulant les processus de migration et de proposer des mutations susceptibles de perturber les interactions identifiées au sein du réseau.

  • Titre traduit

    Exploration and structural modelling of protein interaction networks, application to cell motility


  • Résumé

    Cell migration is at the heart of many biological functions and its deregulation in carcinogenesis processes is a key step in metastasis formation. Understanding cellular mechanisms regulating cell migration is thus a fundamental biological question with direct implications for the pharmaceutical industry. The aim of this PhD project is to develop new statistical and computational methods to make the most of the wealth of information contained in large-scale proteomic experiments. Based on a large body of proteomic data from Alexis Gautreau's team and thanks to methods developed by Jessica Andreani in the team of Raphael Guerois, the PhD project will consist in exploring the cell migration interaction network, modeling the structures of assemblies in this network, predicting the possible competitions and synergies in their interaction modes and establishing the molecular logic associated with the network. The goal will be to identify new players regulating cell migration processes and to suggest mutations that could modulate interactions within the network. This project, conducted in close collaboration between the two teams, will be resolutely interdisciplinary, bringing together strategies from statistics, bioinformatics, structural biology and cell biology. It will enable the dissection of mechanisms by which new regulators of cell migration exert their functions. The resulting methods will be applicable in a more general and systematic framework to the processing of proteomic data.