Flux microbiens dans la filière boulangerie française à faible intrant

par Elisa Michel

Projet de thèse en Biotechnologie et Microbiologie

Sous la direction de Delphine Sicard et de Bernard Onno.

Thèses en préparation à Montpellier, SupAgro , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec SPO - Sciences Pour l'Oenologie (laboratoire) et de Microbiologie (equipe de recherche) depuis le 01-11-2015 .


  • Résumé

    Le projet de thèse s'inscrit dans le cadre d'un projet national de recherche participative (projet ANR « Bakery ») qui vise à étudier la durabilité de la filière boulangerie à faible intrant. La diversité des microorganismes des levains naturels français a été caractérisée. Les objectifs de la thèse seront de comprendre les processus qui pourraient expliquer la distribution et le maintien de cette biodiversité. Pour cela, la thèse consistera à (i) analyser les flux microbiens le long de la filière boulangerie du blé au fournil en développant des méthodes statistiques adaptées (ii) tester l'impact du terroir, des variétés de blé et du boulanger (fournil, pratique boulangère) sur la flore des levains. Au final, ce projet permettra d'élargir les ressources génétiques et de réfléchir à des programmes pour conserver et valoriser la diversité microbienne des levains français. Pour répondre aux questions scientifiques de sa thèse, le doctorant étudiera la diversité microbienne des levains, farine, eau en mettant en oeuvre des méthodes de méta-barcoding de communauté microbienne et également d'autres méthodes de génotypage microbien. Le savoir-faire acquis la première année sur la diversité et les flux microbiens pourra être appliqué aux levains expérimentaux mis en place pour tester l'effet terroir, blé et boulangers l'année 2 et 3. Ce projet sera mené dans deux laboratoires, le Laboratoire de Microbiologie Alimentaire et Industrielle à ONIRIS à Nantes (18 mois), spécialistes des bactéries lactiques et des procédés de panification, et l'UMR SPO à Montpellier (18 mois), spécialistes des levures et de génétique écologique. Il implique la participation de boulangers et le suivi des expérimentations sur le terrain « au fournil ». Les levains expérimentaux étudiés au cours de cette thèse seront aussi caractérisés au niveau fonctionnel (analyse des activités fermentaire et protéolytique, du contenu en sucres, vitamines, minéraux) par différentes équipes participants au projet ANR et seront utilisés pour faire des pains expérimentaux analysés au niveau organoleptique (analyse des composés volatiles et test sensoriel).

  • Titre traduit

    Microbial dispersal in low-imput bakery


  • Résumé

    The PhD is part of a national participatory research project (ANR "Bakery" project) which aims to study the sustainability of the low-input bakery industry. The microorganisms diversity of French natural sourdoughs has been characterized. The objectives of the PhD is to understand the processes that could explain the distribution and the upkeep of this biodiversity. The PhD will consist in (i) analyzing the microbial flows along the bakery chain from the seed to the bread by developing adapted statistical methods (ii) testing the impact of terroir, wheat varieties and bakery on ​​the sourdough microflora. Finally, this project will expand genetic resources and think on programs to conserve and enhance the microbial diversity of French sourdoughs. To answer the scientific questions of his thesis, the doctoral student will study the microbial diversity of sourdough, flour, water using microbial community meta-barcoding methods and other methods of microbial genotyping. The know-how gained in the first year on the diversity and microbial flows could be applied to the experimental sourdoughs to test the soil, wheat and bakers effect in year 2 and 3. This project will be carried out in two laboratories, the Laboratory of Food and Industrial Microbiology at ONIRIS in Nantes (18 months), specialists in lactic acid bacteria and breadmaking processes, and the UMR SPO in Montpellier (18 months), specialists in yeasts and ecological genetics. It involves the participation of bakers and the follow-up of field experiments "at the bakery". The experimental sourdoughs studied during this PhD will also be characterized by functional characteristics (analysis of fermentative and proteolytic activities, sugar, vitamin and mineral content) by different teams participating in the ANR project and will be used to make experimental breads analyzed (analysis of volatile compounds and sensory test).