Epidémiosurveillance dans les Antilles de génotypes impliqués dans l'adaptation à des résistances variétales chez le champignon Pseudocercospora fijiensis causant la maladie des raies noires du bananier.

par Thomas Dumartinet

Projet de thèse en Génétique et génomique

Sous la direction de Jean Carlier et de Catherine Abadie fournier.

Thèses en préparation à Montpellier, SupAgro , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec BGPI - Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (laboratoire) et de Biologie évolutive des champignons phytopathogènes (equipe de recherche) depuis le 01-10-2017 .


  • Résumé

    La gestion de variétés résistantes aux parasites nécessite la mise en place d'une epidémiosurveillance de génotypes les contournant ou les érodant. C'est le cas notamment de la maladie des raies noires du bananier, grave maladie foliaire provoquée par le champignon Pseudocercospora fijiensis qui a été récemment introduite dans les Antilles françaises. D'une façon très préoccupante, les équipes du CIRAD ont récemment isolé en Guadeloupe des souches très agressives qui contournent la résistance de géniteurs et de nouveaux hybrides résistants issus du programme d'amélioration génétique du CIRAD. L'étude de l'histoire des populations de P. fijiensis dans les Caraïbes nous amène à suspecter une introduction dans les Antilles françaises de génotypes qui se sont auparavant adaptés à des résistances variétales dans d'autres îles. Alternativement, ces génotypes pourraient être issus d'un brassage génétique entre deux fonds génétiques différents introduits dans les Antilles française. Pour tester ces hypothèses, nous proposons tout d'abord de développer des approches de génomique des populations afin d'identifier les gènes impliqués et d'élucider l'origine des génotypes des souches très agressives. L'implication de ces gènes dans la pathogénicité et l'adaptation sera ensuite validée par des inoculations en laboratoire et des analyses d'expression de gènes. Enfin, à partir de ces informations, nous développerons des outils moléculaires de détection afin de mettre en place une épidemiosurveillance de ces génotypes.

  • Titre traduit

    Epidemiosurveillance in the French West Indies of genotypes involved in the adaptation to varietal resistances in the fungus Pseudocercospora fijiensis causing banana black leaf streak disease.


  • Résumé

    The management of parasite-resistant varieties requires the establishment of an epidemiosurveillance of genotypes that breakdown or erode them. This is notably the case of black leaf streak disease, a serious leaf disease caused by the fungus Pseudocercospora fijiensis which was recently introduced into the French West Indies. Very worryingly, CIRAD teams recently isolated very aggressive strains in Guadeloupe that breakdown the resistance of genitors and new resistant hybrids from the CIRAD breeding program. The study of the P. fijiensis population history in the Caribbean leads us to suspect an introduction into the French West Indies of genotypes that have previously adapted to varietal resistance in other islands. Alternatively, these genotypes could be derived from a genetic admixture between two different genetic backgrounds introduced in the French West Indies. To test these hypotheses, we first propose to develop a population genomic approach in order to identify the genes involved and to elucidate the origin of the aggressive genotypes. The role of these genes in pathogenicity and adaptation will then be validated by laboratory inoculations and gene expression analyses. Finally, on the basis of this information, we will develop molecular detection tools in order to establish an epidemiosurveillance of these genotypes.