Diversité, importance quantitative et fonctionnelle des prédateurs bactériens: les Bdellovibrio et organismes apparentés dans les écosystèmes lacustres alpins et les milieux marin (C-BALO)

par Jade Ezzedine

Projet de thèse en Biodiversité, écologie, environnement

Sous la direction de Stéphan Jacquet.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de École doctorale sciences et ingénierie des systèmes, de l'environnement et des organisations (Chambéry) , en partenariat avec Centre Alpin de Recherche sur les réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques (laboratoire) depuis le 02-10-2017 .


  • Résumé

    Le projet C-BALO focalisé sur les bactéries prédatrices d'autres bactéries vise à comprendre comment les bactéries hétérotrophes sont contrôlées par leurs propres interactions biotiques et par les facteurs environnementaux . C-BALO consistera donc à déterminer la diversité et l'importance quantitative et fonctionnelle de prédateurs bactériens, les Bdellovibrio et organismes apparentés, dans une variété d'écosystèmes aquatiques, et à comprendre comment ces descripteurs sont influencés par les variables environnementales. Les milieux lacustres alpins, constituent la cible privilégiée du projet C-BALO afin de comprendre comment ce type de communauté biologiques est susceptible d'avoir une incidence sur le fonctionnement et les processus écologiques au sein de ces écosystèmes. Le projet sera articulé selon 4 axes principaux: (i) l'estimation précise de l'abondance et de la distribution des principaux groupes de BALO et des bactéries totales par qPCR, basé sur un échantillonnage mensuel au cours d'une année complète de divers milieux lacustres mais aussi marins; (ii) l'estimation sur la même série de prélèvements citée ci-dessus de la diversité de BALOs à travers le séquençage massif des communautés bactériennes et ciblés BALOs; (iii) l'établissement des liens entre bactéries et bactéries prédatrices et ainsi de l'importance des interactions biotiques au sein du compartiment bactérien; (iv) l'isolement et la caractérisation de BALOs à partir de différents proies afin de réaliser des expériences pour tester l'importance des interactions et les effets de variables clés comme la température.

  • Titre traduit

    Diversity, quantity and functional importance of bacterial hunters: Bdellovibrio and like-organisms in alpine lake ecosystems and marine habitats (C-BALO)


  • Résumé

    The C-BALO project try to understand how bacteria hunting other bacteria , also known as heterotrophic bacteria, are controlled by their own biotic interactions and by environmental factors. C-BALO program will therefore determine the diversity, the part and quantity of bacterial predators, the Bdellovibrio and like-organisms (BALO) in a variety of aquatic ecosystems. Alpine lakes habitats are the perfect spots for the C-BALO project to understand how this type of biological interactions impacts the ecological processes within these ecosystems. The program will aim for 4 findings : (i) first an accurate estimation of the abundance and distribution of the BALO groups and other bacteria by using qPCR. This will be achieved by monthly sampling over a year various lakes and marines habitats; (ii) secondly an estimation of BALOs's diversity based on the previous sampling and by comparison to other bacterial communities. We will rely on high-throughput sequencing in order to attain our goal; (iii) thirdly establishing links between bacteria and bacteria hunters to capture the essence of biotic interactions within the bacterial compartment; (iv) at last isolation and characterization of BALOs using different preys in order to carry out experiments to test the importance of interactions and the effects of key variables such as temperature.