Dynamique fonctionnelle et évolutive des éléments transposables et des variations de structure chez le bovin

par Souhila Amanzougarene

Projet de thèse en Génétique animale

Sous la direction de Hélène Hayes et de Mekki Boussaha.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (2015-.... ; Paris) , en partenariat avec GABI - Génétique animale et Biologie intégrative UMR1313 (laboratoire) , Génétique et Génomique Bovines (G2B) (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 15-01-2017 .


  • Résumé

    Les variations de structure chez le bovin ont fait l'objet de plusieurs projets de recherche dans notre laboratoire en raison de leur ubiquité, de leur impact au niveau fonctionnel et à l'échelle évolutive mais aussi en raison de leur rôle dans certaines anomalies génétiques ainsi que leur association avec certains phénotypes d'intérêt. Chez l'homme et les primates, les éléments transposables représentent environ la moitié du génome et sont considérés comme un facteur important dans le remodelage de la structure du génome et dans la création des variations de structure conduisant ainsi à une variabilité inter-individus. Ils sont fréquemment impliqués dans des maladies. L'objectif principal de notre projet est donc d'étudier ces éléments génétiques mobiles dans le génome bovin à partir de données de séquence génome entier (WGS).

  • Titre traduit

    evolutionary and functional dynamics of transposable elements and structural variations in cattle


  • Résumé

    Structural variants in the bovine genome have been the subject of several recent studies in our lab because of their ubiquity, their evolutionary significance and their role in genetic abnormalities as well as their association with some phenotypes of interest. In humans and primates, mobile elements represent approximately half of the genome and have been considered as a major factor shaping the genome and creating structural variations leading to variability between individuals and initiating several genetic disorders (cancer for example). The main goal of our project is therefore to study these genetic mobile elements in the bovine genome using whole genome sequence (WGS) data.