L'effet des médicaments sur les états conformationnels de BmrA

par Waqas Javed

Projet de thèse en Biologie Structurale et Nanobiologie

Sous la direction de Christine (csv) Ebel et de Jean-michel (csv) Jault.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de Chimie et Sciences du Vivant , en partenariat avec Institut de Biologie Structurale (laboratoire) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    BmrA (“Bacillus multidrug resistance ATP”) est un membre de la superfamille des transporteurs ABC (“ATP-Binding Cassette”) capable de conférer un phénotype de résistance à de multiples drogues chez Bacillus subtilis. L'obtention de plusieurs structures à haute résolution de transporteurs homologues a permis des avancées considérables pour la compréhension du mécanisme de fonctionnement de ces transporteurs mais plusieurs questions restent à résoudre. Notamment, le couplage entre le(s) site(s) des drogues et les deux sites de fixation de l'ATP reste une énigme. Ce stage aura pour objectif de suivre les changements de conformation qui s'opèrent chez BmrA lors de la fixation de drogues transportées (e.g. le Hoechst 33342, la doxorubicine ou l'alacridar). Ces changements de conformation seront visualisés principalement par une approche de protéolyse ménagée ainsi que par échange hydrogène / deutérium couplé à la spectrométrie de masse à la fois au niveau du transporteur présent dans les membranes (surexpression chez E. coli) et au niveau de la protéine purifiée et reconstituée en nanodisques. Ces expériences seront réalisées d'une part sur la protéine de type sauvage et également sur des mutants qui sont affectés dans le couplage entre le site des drogues et les sites ATP (e.g. W413A).

  • Titre traduit

    The effect of drugs on the conformational states of BmrA


  • Résumé

    BmrA ( "Bacillus multidrug resistance ATP") is a member of the superfamily of ABC transporters ( "ATP-Binding Cassette") capable of imparting a multidrug resistance phenotype in Bacillus subtilis. Obtaining several high resolution structures of homologous transporters has made considerable progress in understanding the mechanism of operation of these transporters but many questions remain. In particular, the coupling between the drugs and the two ATP binding sites remains an enigma. This course will aim to follow the conformational changes occurring in BmrA when fixing transported drugs (e.g. Hoechst 33342, doxorubicin or alacridar). These conformational changes are viewed mainly by limited proteolysis approach as well as by Hydrogen/Deuterium Exchange coupled to masspectrometry provided both at the level of this transporter in membranes (overexpression in E. coli) and the level of the purified and reconstituted protein in nanodiscs. These experiments will be performed partly on the wild-type protein and also on mutants that are affected in the coupling between the drug and ATP-binding sites (e.g. W413A).