Étude du déterminisme génétique de l'efficacité alimentaire en bovins allaitants en vue d'une prise en compte dans les évaluations génomiques bovines

par Sébastien Taussat

Projet de thèse en Génétique animale

Sous la direction de Gilles Renand.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement et Santé , en partenariat avec GABI - Génétique animale et Biologie intégrative UMR1313 (laboratoire) , Génétique et Génomique Bovines (G2B) (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-06-2017 .


  • Résumé

    L'amélioration de l'efficacité alimentaire est un enjeu économique, territorial et environnemental important pour la production bovine. L'aliment est le premier poste de dépense en élevage bovin avec environ 60 % des coûts, mais l'ingestion (pâturage et fourrage) est difficilement mesurable sur les animaux en production, limitant les possibilités de sélection. L'efficacité alimentaire est un rapport entre consommation d'aliment (Input) et production à valoriser (Ouput), souvent un gain de poids en bovin allaitant. Elle dépend des besoins d'entretien et du potentiel de croissance des animaux. Sa sélection peut reposer sur la diminution de l'input, augmentation de l'output ou sur les deux paramètres simultanément. Une alternative est l'estimation de la consommation moyenne journalière résiduelle (CMJR), qui est un critère d'efficacité alimentaire indépendant des performances des animaux (les animaux sont mis au même niveau de production et leurs valeurs de CMJR sont comparables). En France, depuis 1985, les stations de Contrôle individuel (CI) des taureaux reproducteurs de races allaitantes Blonde d'Aquitaine, Limousine, Charolaise et Rouge des près disposent de mesures d'ingestion journalières (aliment condensé distribué ad libitum par un automate), permettant une estimation de l'efficacité alimentaire mais qui reste peu valorisée. Par ailleurs, durant le projet BEEFALIM 2020, des données de production, de précocité, de carcasse (mis à disposition par Normabev) et d'efficacité alimentaire seront obtenues pour des descendants de taureaux de CI (mâles et femelles en croissance et en engraissement), en particulier dans les stations expérimentales Charolaises de Bourges et du Pin. Le but du projet de thèse est d'exploiter ces deux sources de données pour calculer les relations génétiques entre efficacité alimentaire (CMJR et efficacité alimentaire classique) mesurée sur les taureaux en croissance et divers caractères de production mesurés sur leurs descendants à différents stades physiologiques (morphologie, poids et classement de carcasse, vitesse de croissance, forme de la courbe de croissance, précocité…). L'objectif est de quantifier des réponses à la sélection en fonction des orientations prises par les professionnels. De plus, nous exploiterons les informations génomiques disponibles pour a minima mettre en évidence des QTL et/ou mutation candidates, voire implémenter une méthodologie de sélection génomique sur l'efficacité alimentaire. L'ensemble des travaux ont ainsi pour ambition de caractériser l'efficacité alimentaire chez les bovins allaitants à différents niveaux, pour d'une part faire le lien entre les animaux reproducteurs et les animaux en production et, d'autre part, caractériser les animaux efficaces aux niveaux génétiques et physiologiques, permettant de fournir des outils appliqués de sélection de l'efficacité alimentaire.

  • Titre traduit

    Study of feed efficiency determinism in beef cattle in order to implement a genomic selection for these traits


  • Résumé

    Increase feed efficiency is an important economic, territorial and environmental issue for beef production. Feed is the first item of spent in cattle breeding with about 60% of the costs, but ingestion (grazing and forage) is difficult to measure on the animals in production, limiting the possibilities of selection. Feed efficiency is a relationship between consumption of feed (Input) and production to be valued (Ouput), often a weight gain in beef cattle. It depends on the maintenance needs and the growth potential of the animals. Its selection can be based on the decrease of the input, increase of the output or on both of them simultaneously. An alternative is the estimate of the residual mean daily consumption (CMJR), which is a criterion of feed efficiency independent of the performance of the animals (the animals are put at the same production level and their CMJR values ​​are comparable). In France, since 1985, Individual Control stations (ICs) of breeding bulls of breeding breeds Blonde d'Aquitaine, Limousine, Charolais and Rouge des près have daily intake measurements (condensed food distributed ad libitum by an automaton) allowing an estimate of the food efficiency but which remains poorly valued. In addition, during the BEEFALIM 2020 project, production, precocious, carcass (made available by Normabev) and food efficiency data will be obtained for descendants of CI bulls (growing and fattening males and females) , especially in the Charolais experimental stations of Bourges and Pin. The aim of the thesis project is to use both data sources to calculate the genetic relationships between food efficiency (CMJR and classical food efficiency) measured on growing bulls and various production traits measured on their descendants at different physiological stages ( morphology, carcass weight and grading, growth rate, growth curve shape, precocity, etc.). The objective is to quantify answers to the selection according to the orientations taken by the professionals. In addition, we will exploit the available genomic information to demonstrate candidate QTL and / or mutation, or even implement a genomic selection methodology on food efficiency. The aim of all the work is to characterize the feeding efficiency of suckling cattle at different levels, on the one hand to make the link between the breeding animals and the animals in production and, on the other hand, to characterize the animals effective at genetic and physiological levels, to provide applied tools for food efficiency selection.