Écologie des communautés de la mégafaune marine : une approche par l'ADN environnemental (ADNe) à travers un large gradient anthropique et environnemental

par Virginie Marques

Projet de thèse en Ecologie fonctionnelle

Sous la direction de David Mouillot.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec MARBEC - Centre pour la Biodiversité Marine, l'Exploitation et la Conservation (laboratoire) depuis le 30-09-2017 .


  • Résumé

    La mégafaune marine (requins, raies, mammifères marins et gros poissons osseux) est soumise à une pression anthropique majeure et croissante depuis le 19ème siècle, et plus récemment par le changement climatique. ¼ de ces espèces sont aujourd'hui menacées d'extinction, et de nombreuses espèces sont encore trop peu étudiées pour inférer leur vulnérabilité. En particulier, les habitats indispensables et derniers refuges pour ces groupes sont peu connus et souffrent d'un manque de standardisation des données, de par leur faible détectabilité liée à une faible densité et distribution hétérogène dans l'environnement. L'ADN environnemental est une technique de metabarcoding en plein développement, rapide et non invasive qui permet d'augmenter la probabilité de détection des espèces rares et de standardiser les données récoltées. Dans quelques litres d'eau se trouvent des traces ADN dégradés des espèces qui sont présentes sur le site, sous la forme de cellules dermiques, de mucus, fèces etc., détectables pendant plusieurs jours. Après des étapes de filtration, extraction d'ADN et bio-informatique, il est possible de d'assigner les séquences ADN récupérées aux espèces ou taxons présents sur la zone. Le but de la thèse sera de 1) développer la technique pour cibler la mégafaune marine, en particulier les élasmobranches et en estimer les limitations, 2) lier les patterns de pression anthropiques et conditions environnementales à la présence de certaines communautés et, 3) construire une base de données à large échelle qui servira de " baseline " pour des suivis de sites d'intérêts à plus long terme.

  • Titre traduit

    Community Ecology of marine megafauna : assessment through environnemental DNA (eDNA) across a wide anthropogenic and environmental gradient


  • Résumé

    Marine megafauna (sharks, rays, marine mammals and large bony fishes) is under a strong and growing pressure from human activities since the 19th century and more recently from climate change. ¼ of these species are threatened with extinction, and many still lack data to infer their vulnerability. Notably, habitat use and last refuges for those groups remains poorly known and suffer from a lack of standardised data, as their detectability is generally low since found in low density with an heterogenous distribution. Environmental DNA is an expanding metabarcoding technic, fast and non invasive allowing an enhanced detection probability of rare species with a standardised methodology. In a few litres of sea waters are found degraded DNA from species present in the sampled site, in the form of skin cells, mucus, feces, etc., detectable for several days. After a filtration step, DNA extraction and bio-informatics, it is possible to assign to assign recovered sequences to species or taxons found in the site. The goal of the PhD is to 1) develop the method to target marine megafauna, elasmobranches in particular and to estimate its limitations, 2) link patterns of anthropic pressures and environmental conditions to the presence of some communities and 3) construct a large scale database that will serve as a baseline for later monitoring for sites of interests.