Rôle du complexe ribonucléoprotéique NSR-ASCO dans la régulation du développement des plantes

par Richard Rigo

Projet de thèse en Biologie

Sous la direction de Martin Crespi et de Céline Charon.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème , en partenariat avec Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay (laboratoire) , IPS2 (equipe de recherche) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2017 .


  • Résumé

    Les ARN non codants longs (ou lncRNAs) peuvent être des composants (catalytiques ou structuraux) des complexes ribonucléoprotéiques (RNP) et/ou des précurseurs de petits ARN tels que le si/miARN. Nous avons récemment identifié le lncRNA ASCO qui interagit avec les protéines NSR (ou « Nuclear Speckle RNA binding protein »), elles-mêmes des protéines régulatrices de l'épissage alternatif de cibles ARNm spécifiques. Le module NSR-ASCO est régulé par l'auxine lors de la formation de la racine latérale et il est également activé pendant le développement stomatique. Ce projet vise à déchiffrer le mécanisme d'action dl'ASCO et son interaction avec le NSR sur le l'épissage alternatif durant le développement des racines latérales (LR) et stomates. En utilisant la génétique reverse, la biologie cellulaire et des approches biochimiques couplées au séquençage d'ARN « genome-wide », nous analyserons de manière détaillée l'action d'ASCO sur ses ARNm cibles et leur épissage. Des études structure-fonction et des essais d'étiquetage de la RNP in vivo établiront le potentiel d'ASCO comme outil pour réguler l'épissage alternatif dans les plantes. L'intégration du module ASCO-NSR dans deux voies de développement bien connues, le développement de la racine latérale et des stomate, à travers l'analyse phénotypique et l'analyse cellulaire et subcellulaire de son expression et localisation, ajouteront une dimension développementale pour déterminer la pertinence biologique de ce module. Ce projet nous permettra de déterminer un nouveau mécanisme régulateur de l'épissage dépendant des ARNs non-codants et son intégration dans le développement des plantes.

  • Titre traduit

    Role of the NSR-ASCO ribonucleoprotein complex in plant development


  • Résumé

    Long non-coding RNAs (or lncRNAs) can be (catalytic or structural) components of ribonucleoprotein complexes (RNPs) and/or precursors of small RNAs such as the si/miRNA. We have recently identified the ASCO lncRNA that interacts with the NSR (for Nuclear Speckle RNA-binding protein) proteins in a RNP which itself regulate alternative splicing of specific mRNA targets. The NSR-ASCO module is regulated by auxin during lateral root formation and is also activated during stomatal development. This project aims to decipher the mechanism of action of the ASCO lncRNA and its interaction with NSR on the regulation of alternative splicing in order to modulate lateral root (LR) and stomatal development. Using reverse genetics, cell biology and biochemistry approaches coupled to genome-wide sequencing, we will dissect the action of ASCO on its alternatively-spliced target mRNAs. Structure function studies and in vivo RNP tagging assays will establish the potential of ASCO as a tool to regulate alternative splicing in plants. The integration of the ASCO-NSR module in two well-known developmental pathways, LR and stomatal development, through phenotypic analysis and cellular and subcellular analysis of its expression and localization will add a developmental dimension to determine the biological relevance of this module. This project will allow us to determine a new non-coding RNA-mediated splicing regulatory mechanism and its integration in plant development.