Annotation des génomes de paramécies

par Olivier Arnaiz

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Linda Sperling.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....) , en partenariat avec Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (laboratoire) et de Université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-09-2017 .


  • Résumé

    Les 15 espèces jumelles de Paramecium aurelia ont émérgé suite à une duplication globale de génome qui a eu lieu il y a environ 100 millions d'années. Etant donné les connaissances approfondies de la génétique et de l'épigénétiques des Paramécies accumulés depuis presque 100 ans, ce groupe d'espèces jumelles constitue un système unique pour étudier les conséquences des duplications globales de génomes chez un eucaryote unicellulaire et les mécanismes de la spéciation. Des annotations de haute qualité de gènes, éléments transposables et leurs reliques sont critiques pour l'étude du système. L'objectif du projet est de présenter le développement de nouvelles chaînes de procédures bioinformatiques pour l'annotation de gènes et des reliques à copie unique des éléments transposables, abondants dans les génomes de Paramécies. Toutes les annotations sont intégrées dans une base de données publiquement disponible, ParameciumDB.

  • Titre traduit

    Annotation of paramecium genomes


  • Résumé

    The 15 sibling species of the Paramecium aurelia cryptic species complex emerged after a whole genome duplication that occurred tens of millions of years ago. Given extensive knowledge of the genetics and epigenetics of Paramecium acquired over the last century, this species complex offers a uniquely powerful system to investigate the consequences of whole genome duplication in a unicellular eukaryote as well as the genetic and epigenetic mechanisms that drive speciation. High quality annotations of genes and of transposable elements and their relics are critical for research using this system. The objective of the project is to present the development of novel bioinformatic pipelines for the annotation of genes and of single-copy relics of transposable elements which are abundant in Paramecium genomes. All annotations are incorporated and made publicly available via a dedicated database, ParameciumDB.