Rôle de la RNASE 3 dans l’adaptation d’Escherichia coli a son environnement

par Maxence Lejars

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la sante

Sous la direction de Eliane Hajnsdorf.

Thèses en préparation à Sorbonne Paris Cité , dans le cadre de BIO SORBONNE PARIS CITÉ (BIOSPC) , en partenariat avec Expression Génétique Microbienne (equipe de recherche) depuis le 19-09-2016 .


  • Résumé

    Les ARN bactériens sont des molécules d'une haute labilité permettant une réponse aux modifications de l’environnent rapide et intégrée. De nombreux mécanismes moléculaires interviennent dans l'expression des gènes chez les bactéries, de la transcription jusqu'à la traduction. La régulation au niveau post-transcriptionnel implique de nombreux facteurs, parmi lesquels les ribonucléases et les petits ARN régulateurs (sRNA). La RNase III est un régulateur global de l'expression des gènes chez Escherichia coli qui permet la maturation d'ARN ribosomaux. En interagissant avec les molécules d'ARN doubles brins la RNase III contrôle l'expression des gènes. Plusieurs mécanismes spécifiques de la RNase III sont connus cependant peut d'effets sur la physiologie ont été décris à ce jour et aucun n'a été expliqué. Une analyse transcriptomique de souches sauvages et mutées pour la RNase III révèlent de larges variations dans l'expression des gènes ainsi que de nombreux nouveaux ARN antisens. L'objet de cette étude est d'expliquer les différents phénotypes mis en évidence dans une souche déficiente pour la RNase III par la mise en évidence de nouvelles cibles directes de la RNase III ainsi que les mécanismes de régulations associés.

  • Titre traduit

    Roles of RNase III in the adaptation of Escherichia coli to the environment


  • Résumé

    Bacterial RNAs are highly labile molecules that allow a fast and integrated response to the environment. Many regulatory mechanisms take place to adapt the bacterial gene expression, from transcription to translation. Regulation at the post-transcriptional level involve numerous factors, among them ribonucleases and small regulatory RNA (sRNA). RNase III is a global regulator of gene expression in Escherichia coli that is instrumental in the maturation of ribosomal and other structural RNAs. By binding or processing double-stranded RNA (dsRNA) intermediates, RNase III controls the expression of genes. As specific mechanism of regulation by RNase III are well known only few effects on physiology have been described and today none has been explained. Transcriptomic analysis of wild type and RNase III deficient strain (rnc strain) reveals large variations of gene expression and allows to detect new antisense RNA transcripts. Our work focused on explaining the diverse phenotypes associated with RNase III deficiency by uncovering new targets of RNase III and their associated mechanism of regulation.