Rôle du dromadaire dans la transmission et la dissémination de virus d'importance économique et sanitaire en Ethiopie : MersCov, Peste des Petits Ruminants et Fièvre de la Vallée du Rift

par Getnet Demissie

Projet de thèse en Ecologie et Biodiversité

Sous la direction de Véronique Chevalier.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec AGIRs - Animal et Gestion Intégrée des Risques (laboratoire) depuis le 01-04-2017 .


  • Résumé

    L'objectif de cette thèse est de comprendre et modéliser la circulation intra et inter-troupeaux (échelle locale et régionale) des 3 virus majeurs du dromadaire dans une zone pilote d'Ethiopie, Metahara. Méthodes Epidémiologie des virus Mers Cov, RVF et PPR Dans la zone pilote, un suivi sérologique et virologique sera réalisé sur 5 troupeaux sentinelle (50-100 individus par troupeau minimum). Pendant la saison de chamelage, des écouvillons nasaux seront prélevés tous les 15 jours pour les couples mères/jeunes ; une prise de sang sera réalisée sur ces mêmes couples ainsi que sur une vingtaine d'adultes supplémentaires tous les mois pour le sang. Les animaux seront identifiés individuellement. Pendant les 6 mois restant, les mêmes individus seront prélevés 1 fois/mois pour la virologie et tous les 2 mois pour la sérologie. Les entrées et sorties (naissance, mort, achat, échanges ventes) seront répertoriées à chaque nouvelle visite. Les contacts potentiels avec d'autres troupeaux seront eux aussi répertoriés. Les évènements cliniques seront répertoriés tout au long du suivi. Les échantillons seront envoyés à l'Université de Hong Kong pour les analyses sérologiques et virologiques MersCov,(et à Montpellier pour la RVF et la PPR). Les taux de prévalence, d'incidence (Mers Cov, PPR et RVF) ainsi que la dynamique d'excrétion pour le MersCov seront ainsi décrits et analysés. L'impact clinique des 3 pathogènes sur a santé des animaux sera évalué. Dynamique intra-troupeaux MersCov et RVF Un modèle élaboré pour la RVF, Susceptible Incubant Infectieux et Removed (SEIR), structuré sur l'âge, incorporant la dynamique de population locale des dromadaires (taux de naissance, de mortalité, saisonnalité), est d'ores et déjà disponible. Il sera adapté au dromadaire et calibré en utilisant les données sérologiques recueillies au cours des années précédentes dans le cadre de la collaboration avec l'Université de Hong Kong et durant année 1 de cette thèse. Pour le MersCov, le modèle ci-dessus sera paramétré en utilisant les durées incubations et de virémies supposées chez le dromadaire et calibré en utilisant les données sérologiques recueillies au cours des années précédentes et année 1 du projet (taux de séroprévalence/classe d'âge). Ces modèles sont des outils préliminaires nécessaires à la mise en œuvre et à l'évaluation de méthode de lutte efficace et adaptées tels que la vaccination (pour la RVF et le MersCov) Rôle des mouvements dans la dissémination des pathogènes Le rôle présumé des mouvements de dromadaires sera analysé pour la diffusion de la PPR et du MersCov au travers de 3 études. La première visera à décrire ces mouvements à l'échelle régionale grâce à des questionnaires réalisés sur les principaux marchés (géoréférencés) de la région pilote. Ces questionnaires sur les origines, destination, motivation de vente ou d'achat, âge des animaux à l'achat/vente seront réalisés chaque mois sur chaque marché (ou sur un échantillon représentatif si trop nombreux) auprès d'un échantillon d'éleveurs tirés au hasard. Les données seront analysées par la méthode des réseaux [11]. Pour évaluer le risque que ces animaux soient virémiques pour l'un ou l'autre des virus lors de leur passage par le marché ou bien lors de leur mouvements, des prélèvements périodiques seront réalisées sur un échantillon des animaux passant aux abattoirs reliés à ces marchés ou élevages. Enfin une enquête sur les pratiques liés à l'élevage de dromadaires sera réalisée auprès d'une sélection d'éleveurs de la région. Au cours de cette enquête seront recueillis tous les éléments caractérisant la conduite des élevages ainsi que les mouvements (achats, ventes, échanges, origine et destination) Cette thèse sera réalisée en association avec une seconde thèse dont l'objectif sera de comprendre les modes de transmission du MersCov du dromadaire aux hommes et d'en évaluer le risque en fonction de paramètres tels que le mode de conduite des troupeaux, les densités animales ou bien les pratiques socio-culturelles associées à l'élevage de dromadaires Résultats attendus Dynamique de transmission des 3 virus sur des troupeaux sentinelles de la région pilote et impact clinique ; Modèle de transmission intra troupeaux des virus RVF et MersCov ; analyse des pratiques d'élevage et du rôle du dromadaire dans la dissémination des virus MersCov et PPR ; description des principaux flux entrants et sortants

  • Titre traduit

    Understanding and modelling the role of camels in MersCov, Peste des petits ruminants and Rift Valley Fevert viruses transmission and spread in Ethiopia


  • Résumé

    Understanding and modelling the role of camels in MersCov virus transmission and spread in Ethiopia The goals are (i) to model the seasonal within herd transmission dynamic; (ii) to understand the between-herds and within-region transmission dynamic; (iii) provide information on the potential role of bats; Selection of a study area based on previous results and feasibility: Metehara, Addis Abeba 1. Within herd transmission dynamic a. Selection of 5 herds of a sufficient size (50-100 or more individuals) in this area b. Swab sampling every 15 days, targeted on mother-calf pairs at least, and other adults if possible c. Blood sampling every month, or every 2 months , focusing on each mother-calf pair mother-child team at least, and other adults if possible d. Recording of in and out herd movements (death, birth, sale, purchase, exchange) e. Recording of potential contacts with other herds (via markets for instance) =>Expected minimum number of samples : 5400 =>Expected results : preliminary dynamic model of within herd transmission 2. Regional transmission dynamic, through a Longitudinal monitoring in abattoirs a. Census of dromedary slaughterhouses in the region of concern. Depending on the number, selection of the 5 most representative (or the biggest?) b. 2 days visit in each abattoir/month, with recording of the number of slaughtered animals, their age, + blood, swab, feces? Urine? Sampling from a representative number of individuals (exhaustive or following a random selection with 1 other 2, 1 other 3 …depending on the total number of dromedaries. MInimum number of sampled animals =30/abattoir/month For each sampled animal, lifestyle, sex, and origin =>Expected minimum number of samples : 3600 =>Expected results: regional dynamic of transmission 3. Description and analysis of camels movements a. Market based study i. Census of dromedary markets within the pilot area ii. Depending on the number of recorded markets within the pilot area, questionnaire surveys on a monthly basis in each of the markets, or a sample of markets, with a random sample of sellers and buyers (origin, destination, reason for selling or buying. b. Herd management practices based on questionnaires (sample to be adapted to the willingness of breeders and their numbers i. Herd size ii. Herd structure (males, females, age, number of birth /year/ and per female iii. Lifestyle iv. Natural Mortality v. Selling/buying/exchanging or herd mixing habits vi. Slaughtering reasons (food, money, religious feats…) vii. Clinic events  Expected results: description and analysis of camel movement networks (and potential contacts through markets, mixing habits for grazing…); identification of the main determinants (meat price? Social practices?); assumptions of the role of these movements in circulation and/or maintenance of the virus within an area Other objectives 4. Are bats the ultimate natural reservoir of the MERS coronavirus? to increase the preliminary sample size, the number of species and the spatial range in Ethiopia, 3 trapping sessions planned,  Expected number of samples : 500*2 (Oropharyngeal and rectal swabs) 5. What is the risk for the human population? a. Cross sectional survey in the high risk (i.e. people working in abattoir, farmers) and low risk populations (i.e. office staff) : performed in the frame of the second PhD