DÉSORDRES ENTERIQUES AU SEVRAGE: ÂGE, ADMINISTRATION D'AMOXICILLINE ET INFECTION PAR ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGENIQUE INFLUENÇANT LE MICROBIOTE INTESTINALE DES PORCELETS.

par Francesca romana Massacci

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Claire Rogel-Gaillard, Paolo Trevisi et de Jordi Estelle.

Thèses en préparation à l'Université Paris-Saclay (ComUE) en cotutelle avec l'Université de Bologne , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....) , en partenariat avec Génétique animale et Biologie intégrative (laboratoire) et de Université Paris-Sud (1970-2019) (établissement opérateur d'inscription) depuis le 01-11-2016 .


  • Résumé

    L'objectif global de ce projet de thèse est d'utiliser une approche de biologie intégrative pour mieux comprendre les effets physiologiques de principaux facteurs de stress au moment du sevrage du porcelet et leurs relations avec l'évolution de l'état de santé des animaux jusqu'à leur abattage. De plus, le projet permettra de comprendre les interactions entre le fond génétique des porcs (gènes liés à la physiopathologie de souches d'E.coli et/ou la robustesse globale de l'hôte, impliqués dans les troubles gastro-intestinaux au sevrage) et l'efficacité d'additifs alimentaires alternatifs à l'usage de traitement antibiotique prophylactique par voie orale. Pour cela, nous analyserons les phénotypes de porcelets au sevrage et le stress induit durant les périodes de pré et post-sevrage, sur des animaux élevés en conditions de production conventionnelles, sans infection expérimentale (projet ANR PIGLETBIOTA, INRA, France). Ensuite, nous réaliserons une infection expérimentale à l'aide du modèle ETEC (IZSUM, Italie) pour étudier les interactions pathogène-hôte-microbiote déterminantes pour la sensibilité ou la résistance aux diarrhées de type ETEC, avec un accent particulier sur le test de méthodes préventives alternatives aux antibiotiques incorporés aux aliments (proposés par le groupe de l'Université de Bologne). Dans les deux expérimentations, les porcelets seront mesurés pour des caractères cliniques, immunitaires, de stress et de production. Nous caractériserons la diversité du microbiote intestinal et sa composition, ainsi que la contribution des facteurs génétique de l'hôte (validation de biomarqueurs sanguins et de marqueurs SNP candidats par le groupe INRA).

  • Titre traduit

    ENTERIC DISORDERS AT WEANING: AGE, AMOXICILLIN ADMINISTRATION AND ENTEROTOXIGENIC ESCHERICHIA COLI INFECTION AFFECTING THE GUT MICROBIOTA OF PIGLETS.


  • Résumé

    The global objective of this PhD project is to implement an integrative biology approach to refine the understanding of the physiological effect of the main stressful factors occurring around piglet weaning and their interaction with the health status of pigs over lifetime until slaughtering. Moreover, the project will potentially disclose the interactions between the genetic background of the piglets (genes linked with the pathophysiology of E. coli strains and/or global host robustness responsible for the gastro-intestinal disorders in pig at weaning) and the efficacy of in feed additives alternative to oral prophylactic antibiotic treatment. We will first analyze the weaning piglet phenotypes and the stress caused during pre- and post-weaning period with animals living in a conventional farm environment with no experimentally infectious challenge (PIGLETBIOTA ANR project, INRA, France). Next, we will implement an ETEC challenge model (IZSUM, Italy) and study the pathogen-host-microbiota interactions that are determinant to the sensitivity/resistance to ETEC diarrhoea, with an emphasis on testing preventive alternatives to in-feed antibiotics (proposed by the group at the University of Bologna). In both experiments, piglets will be monitored for clinic, immune, stress and zootechnical traits. We will characterize the intestinal microbiota diversity and composition as well as the contribution of host genetic factors (validation of blood biomarkers and candidate SNPs at INRA's group).