Modélisation de la dynamique dans les protèines au niveau moleculaire, approches théoretiques et mèthodologiques dans une prespective expérimentale

par Marco Gerolin

Projet de thèse en Chimie Physique


Sous la direction de Daniel Abergel et de Antonino Polimeno.

Thèses en préparation à Paris Sciences et Lettres en cotutelle avec l'Université de Padoue , dans le cadre de École doctorale Chimie physique et chimie analytique de Paris Centre , en partenariat avec Laboratoire des Biomolécules (laboratoire) et de École normale supérieure (Paris ; 1985-....) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2014 .


  • Résumé

    La résonance magnétique nucléaire (RMN) et la résonance paramagnétique électronique (RPE) sont des techniques utilisées pour obtenir des informations sur le comportement dynamique d'un système protèique. Des modèles théoriques sont donc nécessaires pour l'interprétation de leurs observables spectroscopiques Le but final de mon projet de thèse est l'élaboration théorique avancée de "in silico" outils pour comprendre les changements structurels et la dynamique des protéines afin d'obtenir des outils de caractérisation et de connecter l'observation spectroscopique indirecte avec les aspect molèculaire. La stratégie est fondée sur la combinaison de méthodes avec résolution atomistique (simulations de dynamique moléculaire), la modélisation stochastique, l'analyse statistique des données.

  • Titre traduit

    Modeling motions in proteins at the molecular level: theoretical and methodological approaches in an experimental perspective


  • Résumé

    Nuclear magnetic resonance (NMR) and electron paramagnetic resonance (EPR) are bulk techniques employed to gain information on long-time behavior of a system, nevertheless theoretical models are required for the interpretation of their spectroscopic observable. The final purpose of my PhD project is developing of advanced theoretical and in-silico tools to understand structural changes and dynamics in proteins in order to obtain refined characterization tools bridging the gap between indirect spectroscopic observation. The strategy is based on the combination of methods with atomistic resolution (molecular dynamics simulations), stochastic modeling, statistical data analysis.