Abstractions des Réseaux de Réactions Biochimiques

par Andreea Beica

Projet de thèse en Mathématiques

Sous la direction de Vincent Danos.

Thèses en préparation à Paris Sciences et Lettres , dans le cadre de Sciences Mathématiques de Paris Centre , en partenariat avec DIENS - Département d'informatique de l'École normale supérieure (laboratoire) et de Ecole normale supérieure (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2015 .


  • Résumé

    Cette thèse est consacrée au développement des méthodes pour l'analyse des modèles cellulaires, et comprend trois axes principales (et complémentaires) de recherche: 1. L'application (et extension) de la théorie des systèmes à événements discrets pour l'étude formelle de taux de croissance pour les systèmes de croissance cellulaires décrits dans le formalisme des CRN (Chemical Reaction Networks). 2. La modélisation et l'analyse du phénomène de stockage dans les modèles pleine-cellule. 3. La simplification de modèles avec différentes échelles de concentration et de temps, en utilisant des idées inspirées de l'analyse tropicale.

  • Titre traduit

    Abstractions of Biochemical Reaction Networks


  • Résumé

    This thesis is devoted to the development of methods for the analysis of cellular models, and includes three main (and complementary) research axes: 1. The application (and extension) of the discrete event system theory for the formal growth rate study for cell growth systems described in the CRN (Chemical Reaction Networks) formalism. 2. The modelling and analysis of the storage phenomenon in whole-cell models. 3. The reduction/abstraction with guarantees of biochemical models with different time and concentration scales, using ideas inspired by tropical analysis.