Caractérisation moléculaire de la protéine Ded1 de l'espèce Leishmania infantum.

par Molka Mokdadi

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Kyle Tanner et de Ikram Guizani.

Thèses en préparation à Paris Sciences et Lettres en cotutelle avec Laboratoire d'épidémiologie moléculaire et pathologie expérimentale appliqué aux maladies infectieuse, Institut Pasteur de Tunis , dans le cadre de Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Laboratoire de l'expression génétique microbienne (laboratoire) et de Institut de Biologie Physico-Chimique (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-02-2017 .


  • Résumé

    Les ARN hélicases sont un ensemble de protéines ubiquitaires que l'on trouve dans tous les règnes du vivant, de la bactérie aux eucaryotes supérieurs. Même les virus, tels que HCV, ont leurs propres ARN hélicases, même si ils utilisent également les ARN hélicases de leurs hôtes. Les ARN hélicases sont associées à tous les processus impliquant l'ARN tels que la transcription, l'épissage, le transport, le controle qualité des ARNs, la traduction et la dégradation. La plupart de ces protéines sont essentielles, et sont rarement interchangeables, ce qui indique un très haut degré de spécialisation au niveau de la cellule. Elles sont particulièrement importantes puisqu'on les trouve impliquées dans le cycle cellulaire et la régulation du développement, dans les cancers, le vieillissement, les désordres neurologiques et bien d'autres maladies. Ainsi, les ARN hélicases sont des cibles potentielles pour le développement de nouvelles molécules thérapeutiques. Nous nous intéressons plus particulièrement à la famille des ARN hélicases à boite DEAD, qui représente la plus importante famille, et plus particulièrement à la sous-famille Ded1/DDX3. La sous-famille de protéines Ded1/DDX3 est aussi présente chez tous les eucaryotes, de la levure à l'homme (Tarn & Chang, 2009 RNA Biol, 6, 17-20). Ces protéines sont associées au cycle cellulaire et à la régulation du développement, et elles sont impliquées dans la régulation de l'initiation de la traduction des ARNs messagers. Elles sont très conservées puisqu'elles sont capables de complémenter une souche de levure délétée pour le gène chromosomique (essentiel) codant pour Ded1. Chez l'homme, DDX3 est impliquée dans la réplication viral de HIV et HCV, et dans l'oncogénèse, ce qui en fait une cible importante pour le développement de nouvelles molécules thérapeutiques (Arium, 2014 Front Genet, 5, 423). Nous avons précédemment montré que la protéine de levure Ded1 était un facteur associé à la coiffe des ARNm qu'on trouvait à la fois dans le noyau et le cytoplamse (Senissar et al, 2014 Nucleic Acids Res 42, 10005-10022). Nous nous intéressons aux propriétés enzymatiques de cette sous-famille d'hélicases, à leurs partenaires protéiques et à leurs substrats ARNs, afin de meiux comprendre leurs rôles biologiques essentiels pour la cellule.

  • Titre traduit

    Molecular characterization of the Ded1 protein from Leishmania infantum.


  • Résumé

    RNA helicases are ubiquitous to all life forms, from bacteria to higher eukaryotes. Even viruses, such as HCV, encode their own RNA helicases, although viruses exploit host-encoded RNA helicases as well. RNA helicases are associated with all processes involving RNA from transcription, splicing, transport, quality control, translation and degradation. Many of the proteins are essential, and they are rarely interchangeable, which indicates a high degree of specialization in the cell. As an indication of their importance, RNA helicases are implicated in cell cycle and developmental regulation, in cancer, aging, neurological disorders and in other maladies. RNA helicases are potential targets for prophylactic and therapeutic agents. We are particularly interested in the DEAD-box family of proteins, which is the largest family of RNA helicases, and more specifically with the Ded1/DDX3 subfamily. The Ded1/DDX3 subfamily of proteins is found in all eukaryotes, from yeast to humans (Tarn & Chang, 2009 RNA Biol, 6, 17-20.). They associated with cell cycle and developmental regulation, and they are implicated in the regulation of translation initiation of mRNAs. The functionality is highly conserved as all the tested proteins complement a yeast strain deleted for the endogenous--and essential-- DED1 gene. DDX3 from humans is implicated in HIV and HCV viral replication, and in oncogenesis, which makes it an important target for prophylactic and therapeutic agents (Ariumi, 2014 Front Genet, 5, 423). We have found that yeast Ded1 is a cap-associated factor that actively shuttles between the nucleus and cytoplasm (Senissar et al, 2014 Nucleic Acids Res 42, 10005-10022). We are interested in characterizing the enzymatic properties and in identifying the protein partners and RNA substrates of the Ded1/DDX3 subfamily to better understand their essential biological roles.