Identification de la carte des variations morphométriques cellulaires engendrées par de multiples perturbations parallèles

par France Rose

Projet de thèse en Biologie cellulaire

Sous la direction de Auguste Genovesio.

Thèses en préparation à Paris Sciences et Lettres , dans le cadre de Complexité du vivant , en partenariat avec Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure (laboratoire) et de Ecole normale supérieure (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-09-2016 .


  • Résumé

    Le criblage à haut contenu permet d'imager automatiquement des cellules soumises à des milliers de perturbations parallèles. Des centaines de descripteurs morphométriques peuvent alors être extraits de chacune des millions de cellules imagées. Le 1er objectif de ce projet consistera à développer les outils numériques qui permettront, pour la première fois, une extraction exhaustive de tous les phénotypes cellulaires d'un tel jeu de grandes données. Le 2ème objectif consistera à évaluer si, au-delà du caractère descriptif, accéder à l'hétérogénéité de la réponse cellulaire permet de nouvelles applications quantitatives comme par exemple l'analyse fine de co-cultures. Le 3ème objectif consistera à identifier la carte des transitions possibles entre phénotypes et des utilisations de celle-ci.

  • Titre traduit

    Large scale mapping of single cell morphometric variations caused by multiple parallel perturbations


  • Résumé

    High-content screening makes imaging cells at a very large scale possible: population of cells under thousands of perturbations can be automatically imaged at once. Then hundreds of morphometric descriptors can be extracted from each of the cells. The first objective of this PhD project would be to develop computational tools to extract and describe all cellular phenotypes of such data. The second objective would be to evaluate whether this description could be applied to understand more cellular reponse heterogeneity, for example in the case of co cell cultures. The third objective would consist of identifying a potential transition map between phenotypes and find biological applications for it.