Analyse quantitative de la morphologie de poissons aux stades larvaire et juvénile

par Sylvain Lempereur

Projet de thèse en Informatique

Sous la direction de Hugues Talbot et de Jean-Stéphane Joly.

Thèses en préparation à Paris Est , dans le cadre de MSTIC : Mathématiques et Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication , en partenariat avec LIGM - Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge (laboratoire) et de A3IS - Algorithme, Architecture, Analyse et Synthèse d'Image (equipe de recherche) depuis le 01-02-2017 .


  • Résumé

    Le poisson-zèbre est devenu le second organisme modèle le plus fréquemment employé en science, après la souris. En particulier, il est utilisé dans le phénotypage haut-débit par images 3d d'échantillons in toto.Cependant, ces procédés génèrent une grande quantité de données, qui sont impossible à analyser pour un humain, ce qui rend complexe la production d'analyse quantitative. Ainsi, le but de cette thèse est de créer une méthode automatique de segmentation et d'analyse d'échantillons de poissons-zèbre clarifiés ayant été imagé. Ces échantillons seront imagé grâce à un microscope à fluorescence et le processus de segmentation sera réalisé par la mise en place d'une méthode par apprentissage.

  • Titre traduit

    Quantitative analysis of morphology of fishes on juvenil and larval stages


  • Résumé

    The zebrafish became the second most used model organism in science, after the mouse. It is particularly used in high-throughput phenotyping via (or use by taking) 3D images of samples in toto. Thus, these programs generate a great quantity of images, which is impossible to analyze by a human, so the production of the quantitative analysis becomes difficult. Therefore, the purpose of this thesis is to produce an automatic method of segmentation and analysis for clarified zebrafish samples that have been imaged. These samples will be imaged by a fluorescent microscope and the segmentation process will be done by developing a learning method.