Analyse quantitative de la morphologie de poissons aux stades larvaire et juvénile

par Sylvain Lempereur

Projet de thèse en Informatique

Sous la direction de Hugues Talbot et de Jean-Stéphane Joly.

Thèses en préparation à Paris Est , dans le cadre de École doctorale Mathématiques, Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (Champs-sur-Marne, Seine-et-Marne ; 2015-....) , en partenariat avec LIGM - Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge (laboratoire) et de A3IS - Algorithme, Architecture, Analyse et Synthèse d'Image (equipe de recherche) depuis le 01-02-2017 .


  • Résumé

    Au cours de ma formation d'ingénieur, j'ai choisi d'effectuer deux stages en laboratoires de recherche. Ces expériences m'ont donné l'envie de travailler dans le domaine de la recherche académique, en particulier dans le domaine du traitement d'images biologiques ou médicales. Je désire ainsi devenir chercheur, ce qui m'a décidé à effectuer une thèse de doctorat. Une fois cette thèse obtenu, je souhaite partir à l'étranger dans le cadre de contrats post-doctoraux. Ces expériences me permettront ainsi de parfaire mes compétences et mes connaissances, pour l'obtention d'un poste d'enseignant-chercheur.

  • Titre traduit

    Quantitative analysis of morphology of fishes on juvenil and larval stages


  • Résumé

    The zebrafish became the second most used model organism in science, after the mouse. It is particularly used in high-throughput phenotyping via (or use by taking) 3D images of samples in toto. Thus, these programs generate a great quantity of images, which is impossible to analyze by a human, so the production of the quantitative analysis becomes difficult. Therefore, the purpose of this thesis is to produce an automatic method of segmentation and analysis for clarified zebrafish samples that have been imaged. These samples will be imaged by a fluorescent microscope and the segmentation process will be done by developing a learning method.