Ecologie des communautés microbiennes d'écosystèmes aquatiques du Parc Naturel Régional de la Haute Vallée de Chevreuse révélée par des approches statistiques et de modélisation

par Gwendoline David

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Ludwig Jardillier et de Purificacion Lopez-garcia.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec ESE Écologie, Systématique et Évolution (laboratoire) , Diversité,Ecologie et Evolution Microbiennes (equipe de recherche) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Nous proposons d'étudier les liens entre la composition des communautés microbiennes et des paramètres biotiques (e.g. prédation par le zooplancton, interactions entre microorganismes) et abiotiques (e.g. température, pH, concentration en oxygène dissous, nutriments et matière organique). Les petits écosystèmes aquatiques sélectionnés ont été choisis d'après leurs caractéristiques variées (dynamiques hydrologiques, paramètres environnementaux et degrés de pression anthropique). Nos précédents travaux ont déjà montré que les communautés de microorganismes eucaryotes diffèrent d'un écosystème et qu'elles présentent une saisonnalité à l'échelle des taxons. Cependant, les facteurs régulant la dynamique saisonnière de ces groupes et taxons microbiens restent à identifier de même que la diversité et écologie des procaryotes (bactéries et archées). Ce projet utilisera un jeu de données de très bonne qualité et original, tant la large diversité d'écosystèmes considérés, la prise en compte des taxons abondants et rares de tous les microorganismes (bactéries, archées et eucaryotes) que par ses résolutions temporelles courtes et longues.

  • Titre traduit

    Ecology of microbial communities in aquatic ecosystems of the “Parc Naturel Régional de la Haute Vallée de Chevreuse” revealed by statistical approaches


  • Résumé

    We plan to investigate the links between the microbial community composition and the biotic (e.g. zooplanktonic predation, interactions between microorganisms) and abiotic parameters (e.g. temperature, pH, dissolved oxygen concentration, nutrients and organic matter quality and quantity). The choice of the small freshwater ecosystems selected for this study was based on their contrasted features (hydrological dynamics, environmental parameters and anthropic pressure level). Our previous works have already shown that the microbial eukaryote communities differed between ecosystems and were characterised by seasonality at the taxa level. However, the factors that drove the the seasonal dynamics of the microbial groups and taxa still has to be identified as well as the diversity and ecology of the prokaryotes (bacteria and archaea). This project will thus use on a original dataset of good quality, based on a wide diversity of small ecosystems, abundant and rare microbial taxa (bacteria, archaea, eukaryotes) as well as short and long time scales.