Bioinformatique pour l'exploration de la diversité inter-espèces et inter-populations: hétérogénéité & données multi-omiques

par Yannick Cogne

Projet de thèse en Biologie Santé

Sous la direction de Jean Armengaud et de Christine Almunia.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé , en partenariat avec CEA Marcoule - Service de Biochimie post-génomique et Toxicologie Nucléaire -SBTN (laboratoire) depuis le 03-10-2016 .


  • Résumé

    La diversité du patrimoine moléculaire d'une espèce biologique représente un verrou pour l'exploitation des données multi-omiques. Il est nécessaire d'en tenir compte pour bien évaluer les capacités de réponse et d'adaptation du vivant. L'information génomique d'un groupe d'animaux peut être utilisée pour interpréter des données de protéomique ou transcriptomique d'autres animaux de la même espèce, voire d'espèces proches. Toutefois, les différences de séquences génomiques, entre populations et entres individus, limite la portée de l'interprétation. Ce biais pourrait être corrigé avec de nouvelles méthodes d'interprétation tenant compte de la diversité. L'objectif de la thèse est d'explorer de nouvelles approches pour exploiter des données de RNAseq et de protéomique acquises sur une espèce sentinelle de l'environnement utilisé en écotoxicologie, Gammarus fossarum.

  • Titre traduit

    Bioinformatics for exploring inter-species and inter-population diversity: heterogenity & multi-omics data


  • Résumé

    The diversity of molecular heritage of a biological species is a bottle-neck for analyzing of multi-omics data. It is necessary to take into account to properly assess the response and adaptability of life. Genomic information from a group of animals can be used to interpret proteomic data or other animals transcriptomics of the same species or related species. However, differences in genome sequences among populations and among individuals, limits the scope of interpretation. This bias could be corrected with new interpretation taking into account the diversity methods. The aim of this thesis is to explore new approaches to exploit RNA-Seq and proteomics data acquired on a sentinel species used in environmental toxicology, Gammarus fossarum.