L'investigation épidémiologique comme source d'acquisition réactive de connaissances pour la maîtrise de la diffusion des maladies infectieuses émergentes d'origine zoonotique et vectorielle.

par Harold Noel

Projet de thèse en Santé publique - épidémiologie

Sous la direction de Jean-Claude Desenclos et de Henriette De valk.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Santé Publique , en partenariat avec Santé Publique France (laboratoire) , Direction des maladies infectieuses (equipe de recherche) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Contexte : De nouvelles menaces infectieuses zoonotiques et vectorielles « émergent » en Europe du fait de l'intensification des échanges populationnels et commerciaux, de changements environnementaux durables incluant l'évolution du climat et des écosystèmes et de facteurs comportementaux et sociaux. Dans ce contexte, les systèmes de veille et de surveillance en santé publique doivent être en capacité de détecter et suivre l'introduction, la dissémination ou l'endémicisation d'émergences à potentiel épidémique (maladie à virus Ebola, chikungunya, dengue, zika, West Nile…) ou encore à caractère endémique telle que la bilharziose urogénitale. Justification et hypothèses : Les instituts de santé publique (en France, Santé publique France) qui assurent ces fonctions de veille et de surveillance sont en première ligne pour détecter les émergences, en évaluer le potentiel de diffusion, les caractériser d'un point de vue transmissibilité, et identifier les facteurs favorables à leur diffusion dans une perspective de maîtrise précoce et de prévention. La surveillance réactive voire anticipée de ces nouvelles menaces implique de disposer de définitions de cas suffisamment performantes. La détection des premiers cas permet d'identifier de nouveaux besoins diagnostiques, thérapeutiques et préventifs, qui sont autant de leviers pour la lutte contre ces émergences. Enfin les investigations mises en œuvre dans le cadre de cette mission de surveillance contribuent à la connaissance générale sur les émergences. Objectifs : Cette thèse s'appuiera sur les activités de surveillance et d'investigation épidémiologique d'émergences de maladies infectieuses d'origine zoonotique ou vectorielle survenues ces 3 dernières années en France métropolitaine. Ses objectifs sont : - montrer que la surveillance et les investigations de terrain sont des moyens privilégiés de génération rapide de connaissances nouvelles en situation d'émergence; - décrire et illustrer les méthodes d'investigations mise en œuvre spécifiquement et en présenter la traduction en recommandations et mesures de contrôle - documenter et analyser les enjeux scientifiques et opérationnels du développement de définitions de cas performantes et consensuelles pour la surveillance ; - évaluer l'intérêt et la performance d'une méthodologie de « revue rapide » de la littérature pour identifier promptement des faits probants pour l'aide à la décision en Santé publique. Programme de travail : Durant les trois années de doctorat, nous rédigerons des articles scientifiques rapportant des études et investigations d'émergences récentes d'arboviroses et de bilharziose urogénitale (1re année) ; nous mettrons en œuvre en parallèle une revue systématique et « rapide » de la littérature sur la performance de la définition de cas pour la surveillance de la maladie à virus Ebola (2e année principalement) ; enfin, nous proposerons une synthèse des investigations et de la surveillance de ces émergences en analysant leurs retombées scientifiques et leurs traductions en politique de santé (3e année). Retombées : Cette thèse permettra de mettre en avant la contribution scientifique de la surveillance et de l'investigation épidémiologique de terrain dans le domaine des émergences en en identifiant les prérequis méthodologiques. Elle testera également de nouvelles méthodes d'acquisition de connaissances, le tout au service de la décision en santé publique.

  • Titre traduit

    Epidemiologic investigations as a timely source of Epidemiological knowledge in the control of Vectorbone and Zoonotic Emerging Diseases


  • Résumé

    Background, Emerging, Zoonotic and Vector Borne Diseases represent growing threats for public health in Europe. These emergences can be explained by increased population exchanges, trade and environmental determinants such as the change of the climate and ecosystems but also social and behavioural factors. Public health surveillance systems should be able to detect and monitor the introduction, the dissemination and the endemicization of emerging infectious diseases that have a potential to cause outbreaks (Ebola viral Disease, chikungunya, dengue, Zika, West Nile…) or to become widely endemic like urogenital schistosomiasis. Rationale Public health institutes, like Santé publique France, are in charge of public health surveillance. They are hence on the front line for detecting these emergences, assess their potential for dissemination, characterize their transmission modes and identify risk factors in order to control their spread. The early set up of surveillance implies developing accurate and reliable case definitions. The detection of the first cases leads to the identification of new needs in terms of diagnostics, therapeutics and prevention that all serve as levers to control emerging infectious diseases. Finally, Public Health Institutes carry out ad-hoc outbreak investigations that contribute directly to an understanding and knowledge of emerging infectious diseases. Objectives: This thesis is based on data from surveillance and outbreak investigations of zoonotic, vector-borne infectious diseases that emerged recently in metropolitan France. The objectives of this thesis are: - To demonstrate that surveillance and field epidemiology represent a valuable source for rapidly building up knowledge of emerging infectious diseases; - To describe and illustrate the variety of methods in use during outbreak investigations and present recommendations and control measures that resulted thereof; - To document and assess the scientific and operational stakes for developing accurate and consensual case definition for surveillance; - To assess the contribution and performance of rapid literature reviews as an evidence-based tool for decision-making in public health with a special emphasis on emerging infectious diseases. Schedule We will present scientific articles on studies and investigations of recent emerging arboviral infectious diseases and schistosomiasis (Year 1); a rapid review and simultaneously a systematic review of the literature on the case definition of Ebola viral disease (Year 2); a review of surveillance and recent investigations of emerging infectious diseases to assess their scientific output and impact for evidence-informed decision-making (Year 3) Expected results: This thesis will highlight the scientific contribution of surveillance and epidemiological field investigation in the field of emerging infectious disease and identify the main methodological prerequisites. It will also test new evidence-based methods for decision-making in public health.