Génomique comparée chez les Streptomyces : transfert horizontal et variabilité chromosomique terminale

par Jean-noël Lorenzi

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Olivier Lespinet et de Pierre Leblond.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    À partir des séquences complètes, accessibles dans les bases de données, de différentes espèces de Streptomyces, l'objectif est de réaliser une étude de génomique comparée à différentes profondeurs phylogénétiques (c'est-à-dire entre souches et espèces présentant des liens phylogénétiques plus ou moins étroits) afin de : (i) obtenir une vue dynamique de l'évolution des génomes des Streptomyces, notamment par l'analyse de la synténie le long du chromosome, pour approfondir les données préliminaires (Choulet et al., 2006a, Stage M2). (ii) identifier les sources de la variabilité génétique aux niveaux intra- et interspécifique. (iii) identifier les traces des mécanismes évolutifs (éléments génétiques acteurs du transfert et de l'intégration du matériel exogène).

  • Titre traduit

    Comparative genomics of Streptomyces: horizontal gene transfer and terminal chromosomal variability


  • Résumé

    From complete sequences of different Streptomyces species, the goal is to perform a compared genomic study in different phylogenetic depths in order to: (i) obtain a dynamic view of the evolution of the Streptomyces genome, essentially by the analysis of synteny along the chromosome. (ii) identify sources of genetic variability at intra- and inter-specific levels. (iii) identify traces of evolutionary mechanisms.