Liens entre chromatine et synthèse maturation des ARN chez Arabidopsis.

par Yassir Idir

Projet de thèse en Biologie

Sous la direction de Nicolas Bouche.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème , en partenariat avec IJPB Institut Jean-Pierre Bourgin (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Chez Arabidopsis, nous avons identifié une mutation qui est apparue spontanément dans un fond sauvage et qui affecte le gène SG1 (également appelé IBM2). SG1 est impliqué dans des mécanismes de régulation épigénétiques: tous les allèles sg1 présentent des phénotypes stochastiques qui apparaissent plusieurs générations après la fixation de l'allèle à l'état homozygote, s'aggravent avec les générations et font penser que ces mutants accumulent des épimutations. La protéine contient un domaine de liaison à l'ARN et un domaine retrouvé dans certaines protéines modifiant la chromatine. Elle pourrait donc faire le lien, pour certains gènes cibles, entre marques épigénétiques et production des ARNm correspondants. Nous avons montré que SG1 contrôle notamment le gène IBM1 qui code une protéine impliquée dans la dé-méthylation des histones. Le but de ce projet de thèse est de déterminer le rôle de SG1, en particulier d'étudier le complexe protéique correspondant, de caractériser l'un des suppresseurs de la mutation sg1 déjà cloné et de révéler la base moléculaire de certaines épimutations induites dans un contexte mutant sg1. Nous souhaitons ainsi mieux comprendre les liens, nouvellement mis en évidence, qui existent entre chromatine et transcription/maturation des ARN.

  • Titre traduit

    Interplay between chromatin and RNA processing in Arabidopsis.


  • Résumé

    In Arabidopsis, we identified a mutation that appeared spontaneously in a WT background, affecting the SG1 gene (also known as IBM2). SG1 is involved in epigenetic regulations since all sg1 alleles show stochastic phenotypes appearing after several generations at the sg1 homozygous state. The severity of the phenotype increases generations after generations, partially because mutants are accumulating epimutations. SG1 protein contains an RNA-binding domain in addition to a BAH domain found in chromatin modifying proteins. Thus, for certain target genes, SG1 might link epigenetic marks and production of the corresponding mRNAs. We have shown that IBM1, coding an histone demethylase, is a target of SG1. The goal of this PhD project is to determine the role of SG1, in particular by studying the corresponding protein complex, by characterizing one the sg1 suppressor mutation already cloned and by revealing the molecular basis of certain epimutations induced in an sg1 mutant context. Our goal here is to better understand the interplays between chromatin and RNA transcription/processing, a newly emerging field in epigenetics.