Analyse intégrative et modélisation de voies moléculaires dérégulées dans la polyarthrite rhumatoïde

par Vidisha Singh (Kumar)

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Elisabeth Teixeira et de Anna Niaraki.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Laboratoire européen de recherche pour la Polyarthrite Rhumatoïde (laboratoire) et de Université d'Évry-Val-d'Essonne (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    La polyarthrite rhumatoide (PR) est une maladie autoimmune à facettes multiples qui provoque une inflammation chronique des articulations et conduisant le plus souvent à une déformation et une destruction ostéo-articulaire. Jusqu'a présent, l'étiologie de la maladie est encore pour partie inexpliquée. Bien que i'inflammation des tissus autour des articulations et l'arthrite inflammatoire soient caractéristiques de la polyarthrite rhumatoide, la maladie peut également provoquer une inflammation et des blessures dans d'autres organes dans le corps. La biologie des systèmes est une nouvelle frontière interdisciplinaire basée principalement sur l'integration des expériences <<humides>> comme la biologie moléculaire ou << omiques >> avec les expériences << secs>> comme la bio-informatique et la biologie computationnelle. Une compréhension globale et rigoureuse des effets régulateurs de multiples médiateurs impliqués dans la PR nécessite l'intégration de l'information publiée avec de nouveaux ensembles de donées fonctionnelles dans un modèle computationnel global. Pour faire face à de grands réseaux cellulaires pour lesquels des données cinétiques précises font défaut, la modélisation logique est de plus en plus utilisée pour obtenir des informations qualitative globales sur la dynamique du réseau (Bérenguier et al.2013). Dans cette étude, nous proposons une approche de la modélisation des systèmes de fond vers le haut à partir de la construction d'un réseau jusqu'a la construction d'un modèle logique. Le modèle pourrait être utilisé pour répondre à différentes questions biologiques telles que la comparaison du réseau pour les différents phénotypes et d'essayer de comprendre la cause de réponse différente au traitement, et / ou d'enquêter sur les facteurs génétiques qui sont spécifiques dans la PR entre autres maladie auto-immunes.

  • Titre traduit

    Integrative Modelling and Analysis of Molecular Pathways dysregulated in Rheumatoid Arthritis


  • Résumé

    Rheumatoid arthritis (RA) is a multifaceted autoimmune disease that causes chronic inflammation of the joints. Until know, the etiology of the disease remains unclear. Patients with autoimmune diseases have antibodies and immune cells in their blood that target their own body tissues, where they can be associated with inflammation. While inflammation of the tissue around the joints and inflammatory arthritis are characteristic features of rheumatoid arthritis, the disease can also cause inflammation and injury in other organs in the body. Systems biology is an interdisciplinary approach based on the integration of <<wet>> experiments like those of molecular biology or omic with <<dry>> experiments like those of bio informatics or computational biology. A global and rigorous understanding of the regulatory effects of multiple mediators involved in RA requires the integration of published information with novel functional datasets into a comprehensive computational model. To cope with large cellular networks for which precise kinetic data are lacking, logical modeling is increasingly used to derive global qualitative insights about network dynamics (Bérenguier et al.2013). In this study we propose a bottom-up modelling approach starting from the construction of a network right up to the building of a logical model. The model could be used in addressing different biological questions such as comparing the network for different phenotypes and trying to understand the cause of different response to treatment, and/or investigating the genetic factors that are specific in RA among other autoimmune diseases.