La protéine NS1 du virus de la grippe : analyse de la dynamique intracellulaire in vitro et des fonctions d'évasion immune au cours de l'infection in vivo

par Lynda Ait Yahia

Projet de thèse en Immunologie

Sous la direction de François Lefevre et de Ronan Le goffic.

Thèses en préparation à l'Université Paris-Saclay (ComUE) , dans le cadre de École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....) , en partenariat avec VIM - Virologie et Immunologie moléculaire - UR 892 INRA Jouy (laboratoire) et de institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    L'infection par les virus de la grippe (ou Influenza) du groupe A (VIA) constitue un problème de santé publique important en raison de son caractère saisonnier récurrent et du risque de pandémie mondiale. Ce projet se propose d'étudier le rôle de la protéine virale majeure d'évasion immune NS1 des VIA, en utilisant une approche basée sur la construction et l'utilisation de VIA recombinants exprimant une protéine NS1 fusionnée à une protéine fluorescentes marqueur de l'infection dans lesquels le domaine NS1 sera soit fonctionnel, soit porteur de mutations invalidant sa capacité à bloquer la réponse innée. La comparaison des propriétés de ces deux types de virus permettra d'abord d'étudier in vitro la dynamique d'expression et de localisation de NS1 au cours du cycle viral et d'appréhender en quoi cette dynamique est liée aux fonctions de blocage de la réponse innée par NS1. Afin de comprendre le rôle joué par NS1 au cours de l'infection in vivo chez la souris, nous étudierons également la dynamique spatio-temporelle de l'infection par les deux types de virus rapporteurs au niveau des cellules du poumon et des voies respiratoires. Nous focaliserons notre étude sur deux types cellulaires qui jouent un rôle clé dans la réponse innée et adaptative à l'infection : les cellules dendritiques (DC) résidentes des tissus respiratoires et les cellules productrices d'interféron (IFN)-β. Pour analyser conjointement la dynamique de chaque type cellulaire et des cellules infectées par le virus au niveau des tissus, nous utiliserons des souris génétiquement modifiées (déjà disponibles) exprimant une autre protéine fluorescente (co-détectable avec celle du virus), soit dans les DC, soit co-régulée avec l'IFN-β dans les cellules produisant cette cytokine. Outre les approches classiques (cytométrie en flux, microscopie confocale), une approche d'imagerie intravitale reposant sur la microscopie biphotonique sera développée en collaboration avec une autre équipe. Ces différentes approches apporteront de nouvelles information sur le rôle de la protéine NS1 dans la pathogénie de l'infection par les VIA.

  • Titre traduit

    The NS1 protein of Influenza virus : analysis of its intracellular dynamics in vitro and immune escape functions during infection in vivo


  • Résumé

    Infections by group A Influenza viruses (IAVs) represent an important public health problem because of their seasonal occurrence and the risk of worldwide pandemics. We propose in the present project to study the role of NS1, the major immune escape protein of IAVs, via an approach based on the construction and use of recombinant IAVs expressing the NS1 protein fused to a fluorescent protein marker of infection in which the NS1 domain will be either fully functional or bearing mutations that abrogate its ability to block innate immune response. Comparison of the properties of both type of viruses will first permit to study in vitro, in the infected cell, the expression and localization dynamics of NS1 during the viral cycle and to understand how these dynamics are linked to the innate response blocking properties of NS1. In order to understand the role of NS1 during in vivo infection in mice, we will also study the spatial and temporal dynamics of the infection in lung tissue and respiratory airway cells. We will focus our study on two cell types that play a key role in the innate and adaptive response to the infection: resident dendritic cells (DCs) of the target tissues and interferon (IFN)-β producing cells. To jointly analyze the dynamics of each of these cell types and the dynamics of infected cells, experimental infections will be performed on already available mice genetically modified to express another fluorescent protein (that can be co-detected with the viral one) either in DCs or co-regulated with IFN-β in cells expressing this cytokine. Together with classical approaches (flow cytometry and confocal microscopy), an intravital imaging approach, relying on two-photon microscopy, will be implemented as part of a collaboration with another team. These various approaches will bring novel information on the role of the NS1 protein in the pathogeny of IAV infection.