Estimation de l'effet de la sélection fluctuante sur le pathogène du blé Zymoseptoria tritici par mesure de fitness de lignées évoluées et recherche de mutations adaptatives

par Arthur Jallet

Projet de thèse en Biologie

Sous la direction de Anne Genissel.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème , en partenariat avec BIOGER - BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons pathogènes des plantes (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Comprendre comment les espèces évoluent et s'adaptent à leur environnement est une question centrale en Biologie Evolutive. Nous avons effectué une évolution expérimentale sur un champignon pathogène du blé (Zymoseptoria tritici), afin de comparer évolvabilité de souches naturelles soumises à sélection stable ou fluctuante. Les lignées évoluées ont été soumises à des températures fluctuantes ou constantes pendant 200 générations. Afin d'identifier les gènes et réseaux de gènes impliqués dans la réponse à la sélection, nous avons séquencé le transcriptome des souches ancêtres et des lignées évoluées à deux températures. L'objectif principal de la thèse est de tester si le régime sélectif affecte l'évolvabilité des lignées, en mesurant des paramètres de la fitness in vitro et in planta. Le second objectif est d'identifier les mutations cis-régulatrices qui peuvent être adaptatives par des approches de bioinformatique et statistique.

  • Titre traduit

    Assessing the effect of fluctuating selection on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici by measuring the fitness of evolved lines and examining adaptive mutations


  • Résumé

    Understanding how species evolve and adapt to their environment is a central question in Evolutionary Biology. We performed an experimental evolution on a wheat fungal pathogen (Zymoseptoria tritici) to compare the evolvability of natural strains after fluctuating and stable selection. The lines were subjected to fluctuating or stable temperature over 200 generations. In order to identify the genes and gene networks responding to selection, we sequenced the transcriptome of ancestors and evolved lines at two different temperatures. The main goal of the PhD project is to see whether the selection regime affects the evolvability of the strains, by measuring fitness traits in vitro and in planta. The second goal is to identify adaptive cis-regulatory mutations that accumulated during the selection, using bioinformatics and statistical approaches.