Description et caractérisation de la diversité bactérienne des levains de panification français par approche moléculaire

par Emilie Lhomme

Thèse de doctorat en Biologie des organismes

Sous la direction de Xavier Dousset.


  • Résumé

    La fermentation au levain est une biotechnologie alimentaire ancienne qui conserve une image attractive pour la filière Boulangerie, Viennoiserie, Panification. L’écosystème levures – bactéries lactiques (BL) constitue une des clés de l’activité du levain et représente un véritable réservoir d’étude de la biodiversité inter et intra-spécifique. L’objectif de cette thèse est d’apporter des connaissances nouvelles sur la diversité bactérienne des levains de panification français, en particulier issus de la filière biologique. En premier lieu, l’étude de la dynamique des communautés microbiennes dans un levain de panification a permis de montrer sa relative stabilité au cours du procédé et du temps. Toutefois un changement de nature de farine provoque un changement partiel de la microflore du levain. Afin de réaliser un inventaire le plus exhaustif possible des espèces de BL présentes dans le levain, des méthodes microbiologiques traditionnelles et moléculaires comme la PCR en temps réel et le pyroséquençage ont été mises en œuvre sur 30 levains. Cette approche polyphasique a mis en exergue la prédominance de Lactobacillus sanfranciscensis dans les levains de panification français, issus ou non de l’agriculture biologique. Malgré la prépondérance de cette espèce, les pains fabriqués avec ces mêmes levains présentaient des variations des caractéristiques physico-chimiques différentes. C’est pourquoi une caractérisation phénotypique et génotypique (PFGE, MLST) des souches de L. sanfranciscensis a été réalisée. Ces travaux ont montré une diversité des isolats entre les différents levains, sans pouvoir établir de lien entre la diversité génotypique et la diversité phénotypique.

  • Titre traduit

    Description and characterization of French sourdough bacterial diversity by molecular approach


  • Résumé

    Sourdough fermentation still represents an attractive image and method for bread-making process in France despite its technological constraints. Yeast and lactic acid bacteria (LAB) are highly involved in sourdough metabolic activities and represent a wild reservoir of inter- and intra- specific diversity. The aim of this study is to improve knowledge about French sourdough LAB diversity. First, the study of the sourdough microbial community dynamics highlighted its relative stability during the bread-making process and between bread-making runs. However, a flour change leads a partial change of the sourdough microflora. In order to assess an inventory the most exhaustive as possible, classic microbiological and molecular methods like real-time PCR and pyrosequencing were used for describing microflora of 30 organic and not organic sourdoughs. This polyphasic approach showed a high predominance of Lactobacillus sanfranciscensis for all sourdoughs, organic or not. Despite the dominance of this species, physico-chemicals characteristics of breads made with these sourdoughs were different. Hence, a phenotypic and genotypic (PFGE, MLST) characterization of L. sanfranciscensis isolates was performed. The results showed an isolates diversity between the different sourdoughs but no link can be established between genotypic diversity and phenotypic diversity.