Décrypter la réponse thérapeutique des tumeurs en intégrant des données moléculaires, pharmacologiques et cliniques à l'aide de méthodes statistiques et informatiques

par Dimitri Carene

Projet de thèse en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Fabrice Andre et de Stefan Michiels.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Cancérologie : biologie - médecine - santé , en partenariat avec Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Le cancer est la cause la plus fréquente de décès dans le monde, avec 8,2 millions de décès par an. Des études génomiques à grande échelle ont montré que chaque tumeur est caractérisée par un profil génomique unique, conduisant au développement de la médecine de précision, où le traitement est adapté aux altérations génomiques de la tumeur du patient. L'institut Gustave Roussy est l'un des plus grands centres de lutte contre le cancer en France et un leader international dans le domaine de la médecine de précision. Gustave Roussy, qui a rapporté le premier essai clinique de médecine de précision dans le monde entier (Andre F, Lancet Oncol 2014), a structuré sa recherche interne autour de la médecine de précision en développant des expertises en génomique, en bioinformatique et en validation de cibles. L'objectif du projet proposé est d'optimiser le l'association médicament/altération génomique pour le traitement des patients en intégrant des informations hétérogènes comprenant des données génomiques et pharmacologiques de bases de données de lignées cellulaires et des données génomiques et cliniques de patients en utilisant des méthodes statistiques et informatiques. Le projet bénéficiera de la disponibilité de données de séquençage générées en interne (whole exome et RNASeq) pour des patients avec une réponse associée à une thérapie ainsi que d'une équipe multidisciplinaire avec des bioinformaticiens, des biologistes et des cliniciens.

  • Titre traduit

    Deciphering tumor therapeutic response by integrating molecular, pharmacological and clinical data using statistical and computational methods


  • Résumé

    Cancer is the most frequent cause of death in the world, with 8.2 million death / year. Large scale genome studies have shown that each cancer is characterized by a unique genomic profile leading to the development of precision medicine, where treatment is matched to the patient's tumor genomic alterations. Gustave Roussy Cancer Center is one of the largest comprehensive cancer centres in France and an international leader in the field of precision medicine. Gustave Roussy, which reported the first precision medicine trial worldwide (Andre F, Lancet Oncol, 2014), has structured its internal research around precision medicine by developing expertise in genomics, bioinformatics and target validation. The aim of the proposed project is to optimize the drug/alteration(s) pairing for patient treatment by integrating heterogeneous information including genomic and pharmacological data from cell line databases and genomic and clinical data from patients using statistical and computational methods. The project will benefit from the availability of sequencing data generated in-house (whole-exome and RNASeq) for patients with an associated response to therapy and from a multi-disciplinary team of bioinformaticians, biologists and clinicians.