signatures épi(génomiques): inférences étiologiques et application aux études épidémiologiques

par Hanane Omichessan

Projet de thèse en Santé publique - biostatistiques

Sous la direction de Gianluca Severi et de Vittorio Perduca.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Santé Publique , en partenariat avec CESP - Centre de recherche en Epidemiologie et Santé des Populations (laboratoire) , Générations et santé (Mode de vie, gènes et santé : épidémiologie intégrée trans-générationnelle) (equipe de recherche) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2016 .


  • Résumé

    Il existe plusieurs facteurs de risques relatifs au cancer (identifiés principalement en réalisant des études cas-témoins dans des études épidémiologiques prospective et rétrospective), et on estime ainsi, que plus de 40% des cas de cancer dans les pays développés peuvent être évités grâce à des méthodes de prévention relatives à ceux déjà connus. Cependant, bien au delà de ces mesures, plusieurs personnes peuvent être atteintes d'un cancer sans origine évidente puisque la majorité de ceux-ci ont encore des causes et origines inconnues. Pour combler l'écart existant entre notre connaissance actuelle et l'étiologie de certains cancers, l'adoption de nouvelles approches de recherche peut être utile. L'une d'entre elles peut se baser sur l'intégration dans les études épidémiologiques, de données spécifiques que l'on peut retrouver dans l'ADN tumoral (les signatures mutationnelles et les modifications épigénétiques par exemple). L'objectif général de ce projet est donc de démontrer qu'une nouvelle approche, basée sur des analyses cas-cas des données génomiques et épigénomiques des tumeurs, avec des données d'expositions et de mode de vie dans le contexte d'études épidémiologiques est possible et utile afin d'augmenter de manière significative notre compréhension des causes du cancer. On s'intéresse plus spécifiquement au cancer du sein mais également à ceux associés au tabagisme. Il s'agira ainsi, d'utiliser les données obtenues à partir de l'application des nouvelles technologies de séquençage sur les diverses tumorothèques d'études épidémiologiques à notre disposition (cohorte E3N & Melbourne Collaborative Cohort Study entre autres) afin de les intégrer aux données épidémiologiques correspondantes dans l'objectif d'associer ou non un événement mutationnel ou épigénétique donné à une exposition ou un mode de vie particulier.

  • Titre traduit

    epi(genomic) signatures : inferences of cancer aetiology and application to epidemiological studies.


  • Résumé

    Several risks factors have been identified for cancer (mainly by case-control studies in prospective and retrospective epidemiological studies), and it has been estimated that more than 40% of cancer cases in developed countries are preventable through the modification of known risk factors. Despite this, the majority of cancers are still not preventable as their cause or origin is unknown. To tackle the existing large gap in our knowledge of cancer aetiology, the adoption of new research approaches may be useful. One of such new approaches may be the integration into epidemiological studies of the investigation of particular features measurable in tumour DNA such as, mutational signatures and epigenetic modifications. Thus, the general objective of this project is to demonstrate that a new approach, based on case-case analysis of genomic and epigenomic data of integrated tumors, with exposures and lifestyles data in the context of epidemiological studies is possible and useful in order to significantly increase our understanding of cancer etiology, with a particular interest for breast cancer but also for tobacco-related cancers. For this, we will use the data obtained after the application of Next Generation Sequencing approaches on the various tumor libraries available in our team, mainly E3N cohort but also the Melbourne Collaborative Cohort Study in order to integrate them with the corresponding epidemiological data with the goal of associate or not a given mutational or an epigenetic event to a specific exposure or lifestyle.