Analyse génétique de la résistance à la flavobactériose chez la truite arc-en-ciel et perspective en sélection

par Clémence Fraslin

Projet de thèse en Génétique animale

Sous la direction de Edwige Quillet.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (2015-.... ; Paris) , en partenariat avec GABI - Génétique animale et Biologie intégrative - UMR INRA/AgroParisTech/CEA (laboratoire) , Génétique et Aquaculture (GenAqua) (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 02-11-2015 .


  • Résumé

    La santé des cheptels est un enjeu majeur de compétitivité et de durabilité des filières de production animale. La flavobactériose d'eau froide, causée par la bactérie Flavobacterium psychrophilum, est omniprésente dans toutes les zones de production de salmonidés dans le monde. La truite arc-en-ciel, première espèce piscicole en France, est particulièrement touchée. En l'absence de vaccin, et dans un contexte de réduction de l'utilisation des antibiotiques (plan Ecoantibio 2012 du Ministère de l'Agriculture), la sélection d'animaux plus résistants constitue une priorité pour la filière française, aussi bien pour l'activité de grossissement en France que pour l'exportation d'œufs sélectionnés (les sélectionneurs français exportent déjà à plus de 60% et ce vers plus de 25 pays en Europe et Eurasie). Cette stratégie est confortée par de premières publications américaines et danoise et de premiers travaux de recherche de recherche conduits par l'INRA. L'objectif de la thèse est d'identifier les composantes génétiques clé de la résistance à la maladie, afin d'optimiser les modalités d'introduction du caractère dans les schémas de sélection conduits par les entreprises françaises et de préparer l'évolution des schémas actuels vers la sélection assistée par marqueurs. Le travail combinera l'exploitation de ressources génétiques originales (Lignées expérimentales isogéniques sensibles/résistantes et commerciales) et des méthodologies NGS haut débit (caractérisation de lignées, recherche de QTL, analyse d'association en populations commerciales). Les données contribueront également à une meilleure connaissance des interactions hôte-pathogène et des mécanismes de défense de l'hôte. Les travaux s'inscrivent dans le cadre de deux programmes de recherche dont les consortiums associent des acteurs de la recherche académique et du secteur industriel (SYSAAF [Syndicats des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français] et entreprises de sélection) au niveau français et européen.

  • Titre traduit

    Genetic analysis of rainbow trout resistance to bacterial cold water disease and implications for selective breeding


  • Résumé

    Health control is a major challenge for competitiveness and sustainability of animal production systems. Bacterial cold water disease, caused by the bacterium Flavobacterium psychrophilum, is omnipresent worldwide in all areas where salmonids are reared. Rainbow trout, the first French aquaculture fish species, is particularly affected by the disease. As there is no vaccine, and in a context of reduction of the use of antibiotics, selection of more resistant animals is a priority for the French sector, both for rearing activity in France and for the export of selected eggs ( French breeders export already more than 60% of their production toward more than 25 countries in Europe and Asia). This strategy is comforted by American and Danish publications and by on going research works carried out at INRA. The aim of this PhD is to identify the key genetics components of resistance to the disease, in order to optimize the way of introducing resistance in selection breeding programs led by French companies and to prepare the evolution of those programs toward marker assisted selection. The work will take advantage of original genetic resources (experimental susceptible / resistant isogenic lines and commercial populations) and NGS methodology to search for QTL and candidate genes associated to resistance. Data will also be used for a better understanding of the interactions between host and pathogens and defence mechanisms. This work is part of two research programs that gather actors from academic research and industrial sector (SYSAAF [Syndicats des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français] and breeding companies) at the French and European levels.