Signatures épigénétiques associées à l'état physiologique, nutritionnel et pathologique chez la vache laitière en postpartum.

par Maxime Gasselin

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Hélène Jammes.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (2015-.... ; Paris) , en partenariat avec BDR - Biologie du Développement et Reproduction - UR 1198 INRA/ENVA (laboratoire) et de institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-02-2014 .


  • Résumé

    Un très important progrès a été accompli en sélection animale en mettant en œuvre des approches pan génomiques basées sur la détection d'un grand nombre de polymorphismes de séquence (SNPs) et sur leur association avec des caractères d'intérêt. Cependant, ce progrès génétique semble dans certains cas bridé par les contraintes environnementales qui modifient l'expression du potentiel génétique. L'épigénétique, entendue comme marques apposées sur le génome orchestrant une lecture dirigée de celui-ci, apparait aujourd'hui comme un intégrateur des contraintes environnementales. Les marques épigénétiques sont à la fois stables et plastiques. Si certaines signatures épigénétiques très conservées se mettent en place de manière tissu-spécifique au cours de la différenciation cellulaire, d'autres présentent une variabilité inter-individuelle importante et reflètent une réponse adaptative à l'environnement. Elles participent ainsi aux interactions entre environnement et génome dans la construction du phénotype en sélectionnant l'information génétique à exprimer. Notre projet a pour objectif l'identification des signatures épigénétiques portées dans le génome des monocytes circulants (prélèvement sanguin peu invasif et purification cellulaire rapide, efficace et en routine sur le terrain) en réponse à l'état physiologique ou pathologique, aux systèmes d'élevage ou à l'apport nutritionnel chez des bovins dont le génotype est connu.

  • Titre traduit

    Epigenetic signatures associated with physiological, nutritional and pathological states in dairy cow at postpartum.


  • Résumé

    A very important progress has been accomplished in animal selection implementing pan-genomic approaches based on the detection of a large number of sequence polymorphisms (SNPs) and about their association with traits of interest. However, this genetic progress seems in some cases limited by environmental pressures which modify the expression of genetic potential. If some well-preserved epigenetic marks set up with a tissue-specific pattern during the cellular differentiation, others show an important inter-individual variability which could be read into an adaptive response to the environment. So, epigenetic marks contribute to the interactions between environment and genome in the construction of the phenotype by selecting the genetic information to express. My thesis project aims to identify the epigenetic signatures in response to physiological or pathological states, breeding systems, or food supply using a homogenous circulating cell population (monocytes) in the bovine. Project strategy consists in i) a determination of monocyte epigenome in comparison with others epigenomes of differentiated cells by high-throughput analysis of DNA methylation (MeDIP and RRBS), ii) the design and the development of Infinium-like array dedicated to bovine species with relevant CpGs previously determined and iii) the study of epigenome variations after nutritional and immunological challenges. Taking advantage of the opportunity to all cows used in this study (100 animals), I plan to develop a statistical analysis aiming the integration of epigenetic and genetic information in collaboration with a statistical team of INRA. My thesis project benefits from a financial support from a private partner (Groupe Pilardière) and takes place in a large collaborative project including also three INRA's research teams.