Mécanismes impliqués dans la bioprotection des champignons de Paris (Agaricus bisporus) par les biofilms de Bacillus subtilis

par Caroline Pandin

Projet de thèse en Microbiologie

Sous la direction de Romain Briandet et de Dominique Le coq.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement et Santé , en partenariat avec MICALIS- Microbiologie de l'Alimentation au service de la santé humaine (laboratoire) , UMR Micalis - Pôle Risques- Equipe B2HM Bioadhésion Biofims et Hygiène des Matériaux (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2015 .


  • Résumé

    -La culture du champignon de Paris, traditionnelle en champignonnière souterraine, ou industrielle en hangar climatique, est très sensible aux altérations microbiennes qui sont responsables de près d'un quart de perte dans la filière. Pour limiter ces pertes, la plupart des exploitations françaises utilisent aujourd'hui une approche de bio-contrôle dont l'agent actif est Bacillus subtilis. Dans le cadre de ce projet de thèse, nous proposons de mettre a profit nos connaissances sur la biologie de B. subtilis pour l'étude des mécanismes impliqués dans la bioprotection des champignons de Paris: étude des mécanismes de colonisation des substrats et d'inhibition des flores fongiques et bactériennes indésirables. L'originalité du projet est d'intégrer la notion de biofilm dans les mécanismes d'inhibition étudiés (compétition spatiale et nutritionnelle, libération de principes antimicrobiens). En lien étroit avec les professionnels de la filière, ces connaissances seront utilisées pour i) un meilleur contrôle de l'action biofongicide observée, ii) exploiter le potentiel de certains agents antibactériens produits par l'espèce pour inhiber les flores d'altérations et pathogènes sur le carpophore, iii) innover sur les pratiques culturales pour limiter l'apparition possible de souches résistantes au traitement. Les progrès réalisés dans la compréhension de ce bioprocédé pourront probablement être transposés à d'autres filières agricoles (maraichage, arbres fruitiers).

  • Titre traduit

    Mechanisms involved in bioprotection of button mushrooms (Agaricus bisporus) by Bacillus subtilis biofilms


  • Résumé

    The culture of white button mushrooms, mushroom traditional groundwater, or industrial climate in the shed, is highly sensitive to microbial alterations that are responsible for almost a quarter of a loss in the pipeline. To limit these losses, most French farms now use a biocontrol approach in which the active agent is Bacillus subtilis. As part of this PhD project, we propose to have leverage our knowledge of the biology of B. subtilis to study the mechanisms involved in the bioprotection of white button mushroom : study of colonization mechanisms substrates and inhibition of unwanted fungal and bacterial flora. The originality of the project is to integrate the concept of biofilm in the studied mechanisms of inhibition (spatial and nutritional competition, releasing antimicrobial principles). Working closely with professionals in the industry, this knowledge will be used to i) better control of the action biofungicidal observed, ii) exploit the potential of certain products by the species antibacterial agents to inhibit the pathogenic flora and alterations the fruiting body, iii) innovate on cultivation practices to limit the possible occurrence of strains resistant to treatment. Advances in the understanding of this bioprocess can probably be transposed to other agricultural sectors (market gardening, fruit trees).