Fonctions et organisations de l'hétérochromatine au cours du développement sexué chez le champignon filamenteux Podospora anserina

par Florian Carlier

Projet de thèse en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Fabienne Malagnac.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2015 .


  • Résumé

    Chez les eucaryotes, l'ADN est compacté sous forme de chromatine. Les régions euchromatiques montrent une activité transcriptionnelle plus intense que les régions hétérochromatiques, dans lesquelles se trouve la majorité des éléments d'ADN répétés. Il existe chez les champignons filamenteux, un mécanisme de reconnaissance de séquences d'ADN identiques appelé RIP (Repeat Induced Point mutation), qui, au cours de la reproduction sexuée, introduit des mutations dans ces séquences répétées et conduit à l'inactivation transcriptionnelle des gènes qu'elles contiennent via la formation d'hétérochromatine. La protéine RID (RIP deficient) qui montre une structure d'ADN-méthyltransférase est essentielle au RIP. Par ailleurs, des mutants de Podospora anserina et d'Ascobolus immersus chez lesquels le gène Rid a été inactivé, sont stériles. L'objectif de ce projet de thèse est donc d'élucider la ou les fonction(s) de la protéine RID au cours de la reproduction sexuée. En particulier, des analyses moléculaires à haut débit permettront d'établir les réseaux d'interactions physiques et génétiques dans lesquels la protéine RID est impliquée. Ces résultats établiront la part des modifications épigénétiques et de la plasticité chromatinienne nécessaire au développement sexué.

  • Titre traduit

    Heterochromatin functions and organizations during sexual development in the filamentous fungus Podospora anserina


  • Résumé

    In eukaryotes, DNA is packed to fit inside the nucleus. Heterochromatin designs genomic regions that are tightly packed, by opposition to euchromatin that refers to more relaxed structures. Heterochromatic regions are genomic compartments filled with repeats. In filamentous fungi, the Repeat Induced Point mutation (RIP) system, which is active during sexual reproduction, introduces mutations within the repeats and silences the embed genes through chromatin modifications. The conserved RID protein (RIP deficient), encoding a DNA methyltransferase-like protein, is essential to RIP. Remarkably, mutants impaired for Podospora anserina and Ascobolus immersus RID orthologs are sterile, which might indicate that the RIP-like mechanisms might be also involved in sexual reproduction. It will be of particular interest to investigate if any epigenetic imprinting could account for it. Therefore, the goal of this thesis project will be to uncover the function(s) of the two RID-like proteins, with respect to sexual development, and thus to explore the links between chromatin dynamics and sexual reproduction. The physical interactions of the RID-like proteins, as well as their genetic interaction networks will be uncovered using genomic high throughput approaches.