Plasticité et adaptation en tant que contributeurs dand l'histoire évolutive récente du Maïs.

par Anne Lorant

Projet de thèse en Biologie

Sous la direction de Maud Tenaillon et de Jeffrey Ross-ibarra.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème , en partenariat avec Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 02-11-2015 .


  • Résumé

    Nous proposons d'étudier la base génétique de l'adaptation dans le téosinte, l'ancêtre sauvage du maïs. La combinaison unique de populations naturelle et domestiquées nous permettent d'utiliser des outils de génomique de la population pour disséquer l'adaptation à la fois sur une courte période de temps (domestication) ainsi qu'à de plus longues échelles de temps (adaptations locales). Nous allons d'abord utiliser le séquençage de librairies d'ARN pour étudier comment la plasticité dans l'expression génique pourrait avoir été une premières étape importante dans la domestication. Nous allons comparer le transcriptome du maïs et du téosinte dans des plantes cultivées dans des conditions climatiques simulant la période de l'Holocène. Nous émettons l'hypothèse que les gènes qui montrent une réponse plastique dans le téosinte, mais aucune réponse dans le maïs seront enrichis pour des gènes sélectionnés lors de la domestication. Ensuite, nous allons tirer parti de plusieurs populations naturelles de téosinte pour étudier l'adaptation locale. Des analyses de génétique des populations sur les séquences génomiques et les phénotypes nous permettra d'identifier les signatures de sélection sur des loci d'effet important, ainsi que la sélection sur les associations climatiques ou les phénotypes quantitatifs.

  • Titre traduit

    Plasticity and Adaptation as contributors of maize recent evolutionary history


  • Résumé

    We propose to study the genetic basis of adaptation in teosinte, the wild ancestor of maize. The unique combination of wild populations and a domesticated relative allow us to use population genomic tools to dissect adaptation on both short (domestication) and long (local adaptation) time scales. We will first use RNA sequencing to study how plastic changes in gene expression may have been important first steps in domestication. We will compare maize and teosinte transcriptomes from plants grown in climatic conditions simulating the Holocene. We hypothesize that genes that show a plastic response in teosinte but no response in maize will be enriched for genes that were selected during domestication. Next, we will take advantage of multiple natural populations of teosinte to look at local adaptation. Population genetic analysis of genome sequences and phenotypes will let us identify the signatures of selection on loci of large effect, as well as selection on climatic associations or quantitative phenotypes.